Другому преданию следуют «Канон Муратори» и Епифаний Монах. Иоанн Богослов был популярной фигурой у гностиков (см. Гностицизм). Под именем Иоанна Богослова был составлен гностический «Апокриф Иоанна», известный исследователям в разных версиях. Этот текст построен в виде откровения о мироздании, которое Иоанн Богослов получает в пустыне после вознесения Иисуса Христа, куда апостол уходит после нападок фарисея Аримания в храме («Апокриф Иоанна» использует уже Ириней Лионский). Иоанн Богослов изображается спутником апостола Петра в конце «Деяний Петра и двенадцати апостолов», где он задаёт Христу вопрос об исцелении. В апокрифах реминисценции новозаветных упоминаний Иоанна Богослова исследователи встречают намного реже. Здесь исследователи выделяют две линии предания: 1) отражённые в связанных с эфесской традицией «Деяниях Иоанна» и других текстах и 2) независимые от них упоминания Иоанна Богослова в других апокрифах. Наиболее древняя традиция представлена «Деяниями Иоанна» (написаны вскоре после 150 г.). Их автор явно знал о гробнице апостола в Эфесе, хотя сам там не был. Кроме Эфеса, согласно «Деяниям Иоанна», Иоанн Богослов проповедовал в других городах провинция Асия: Милете, Смирне и Лаодикии (здесь нет никаких сведений о его жизни, приводимых писателями первых веков). Действие, в основном, происходит в Эфесе, куда Иоанн Богослов возвращается после путешествий в Милет, Смирну, Лаодикию. Апостол обращает в христианство знатную женщину Клеопатру и её мужа Ликомеда, который пожелал иметь портрет апостола и, получив его от художника, стал воздавать изображению Иоанна Богослова почести, чем вызвал порицание апостола, который выступил с проповедью о портрете души. В различных эпизодах «Деяний Иоанна» описываются совершённые апостолом воскрешения и исцеления старых и больных женщин в театре Эфеса, жреца храма Артемиды, сына Антипатра. Большое место занимает повествование о любви Каллимаха к целомудренной Друзиане. Они оба умирают, но воскрешаются апостолом и обращаются в новую жизнь. «Деяния Иоанна» завершаются рассказом о преставлении Иоанна Богослова в Эфесе в воскресный день после проповеди, молитвы и евхаристии. Фактический материал древних актов уже достаточно рано был с некоторыми добавлениями переработан в православном ключе в «Historia syriaca» (IV в.), в греческих «Деяниях Иоанна», приписываемых апостолу от 70 Прохору (V в. – в литературе также часто называются Пространным житием («Хождением») Иоанна Богослова), в латинской «Virtutes Iohannis» и «Passio Iohannis» (VI в.), а также в сирийской, коптской, арабской, эфиопской, армянской и грузинской версиях. На основе «Деяний Иоанна», но с добавлением нового материала составляются также греческие «Деяния Иоанна в Риме». Они состоят из двух частей: во второй приводится сокращённый рассказ о смерти апостола из «Деяний Иоанна», а в первой содержится не известный исследователям из других источников материал: вызов Иоанна Богослова в Рим, его пребывание там в темнице и допрос императором Домицианом, а также ссылка апостола на остров Патмос. Эфесская традиция представлена и в приписываемых Прохору «Деяниях Иоанна», куда также добавлены истории Прохора, Романы и Диоскорида, Мареона и др. (вопрос о том, насколько они являются изобретениями автора или заимствованы из несохранившихся частей древних актов, остаётся предметом дискуссии). Сообщается, что Прохору, апостолу от 70, выпадает по жребию отправиться вместе с Иоанном Богословом на проповедь. На пути в Асию их корабль терпит крушение. Прохор, обвинённый за это в Селевкии в колдовстве, предстаёт суду и оправдывается судьями.