По свидетельству Иринея Лионского, при императоре Траяне (98–117 гг.) Иоанн Богослов по-прежнему жил в Эфесе, где однажды, увидев в бане еретика Керинфа, выбежал из неё. В Эфесе его учеником стал Поликарп, впоследствии епископ Смирнский. Другим его асийским учеником был Игнатий Богоносец. Судя по контексту, исследователи сделали вывод, что именно эфесские пресвитеры слышали от Иоанна Богослова слова Иисуса Христа: «Придут дни, когда будут расти виноградные деревья, и на каждом будет по десяти тысяч лоз, на каждой лозе по десять тысяч веток, на каждой ветке по десять тысяч прутьев, на каждом пруте по десять тысяч кистей и на каждой кисти по десять тысяч ягод, и каждая выжатая ягода даст по двадцати пяти мер вина. И когда кто-либо из святых возьмется за кисть, то другая (кисть) возопит: “Я лучшая кисть, возьми меня; чрез меня благослови Господа”. Подобным образом и зерно пшеничное родит десять тысяч колосьев, и каждый колос будет иметь по десять тысяч зёрен, и каждое зерно даст по десять фунтов чистой муки; и прочие плодовые дерева, семена и травы будут производить в соответственной сему мере, и все животные, пользуясь пищею, получаемою от земли, будут мирны и согласны между собою и в совершенной покорности людям». Климент Александрийский также повествует о служении Иоанна Богослова в Эфесе после возвращения из ссылки: апостол посещал его окрестности, поставлял епископов, основывал церкви, мирил братьев; в одном из окрестных городов вернул в церковь юношу, ставшего разбойником. Церковный автор конца II – начала III в. Аполлоний Эфесский сообщает (в передаче Евсевия Кесарийского), что Иоанн Богослов воскресил в Эфесе умершего (о пребывании Иоанна Богослова в Эфесе говорится и в относимых Игнатию Богоносцу письмах). Евсевий Кесарийский сообщает предание о том, что Иоанн Богослов написал Евангелие по просьбе тех, кто хотели знать о деяниях Иисуса Христа до заточения Иоанна Предтечи. Климент Александрийский говорит, что Иоанн Богослов последним написал «Евангелие духовное», в отличие от синоптических, возвещающих «земные дела Христа». Ириней Лионский сообщает, что Евангелие было написано Иоанном Богословом в Эфесе. В «Каноне Муратори» приводится предание о его создании, согласно которому Иоанн Богослов написал Евангелие по настоянию учеников и епископов, причём «откpылось Андpею, [одномy] из апостолов, что Иоанн должен написать обо всём от своего имени, а дpyгие – всё это пpовеpить». Византийский агиограф Епифаний Монах (первая половина – середина IX в.) в «Житии апостола Андрея», опираясь на несохранившееся греческое предание, упоминает совместную проповедь апостола Андрея и Иоанна Богослова в Эфесе (эта традиция, как полагают исследователи, также имеет эфесское происхождение). Таким образом, в церковной литературе II–III вв. проявляются две традиции относительно дальнейшей судьбы Иоанна Богослова: одна краткая (иерусалимская) и другая, пространная (эфесская), восходящая с большой долей вероятности к Папию Иерапольскому, который слушал учеников Иоанна Богослова или, что исследователи считают менее вероятным, даже самого Иоанна Богослова. Исследователи полагают, что этому может противоречить информация о том, что Папий Иерапольский во второй книге своих «Толкований на слова Господни» говорил о том, что Иоанн Богослов и апостол Иаков были убиты иудеями (исследователи полагают, что работой Папия Иерапольского пользовался Ириней Лионский). Сведения Климента Александрийского восходят, по мнению исследователей, к другому источнику. На сочинения этих ранних авторов опирался Евсевий Кесарийский.