Наконец, подробности описания в Евангелии от Иоанна позволяют исследователям предположить, что одним из двух учеников Иоанна Предтечи, которые провели день с Иисусом Христом, был Иоанн Богослов (не называемый по имени; Ин. 1:35–39). Подобное отождествление исследователи иногда встречают в церковной традиции (например, в cписке апостолов из рукописи). Исследователи полагают, что также тождество Иоанна Богослова с учеником, «который был знаком первосвященнику» (Ин. 18:15–16), вошедшим с апостолом Петром во двор во время суда над Христом. Если четвёртое Евангелие написал Иоанн Богослов, то уникальный материал этого Евангелия заставляет исследователей предположить кроме уже сказанного присутствие Иоанна Богослова среди учеников Христа: во время чуда в Кане Галилейской (Ин. 2:1–11), в Капернауме после чуда в Кане (Ин. 2:12), на Пасхе в Иерусалиме (Ин. 2:17), затем, после беседы с Никодимом о рождении свыше, в Иудее (Ин. 3:22) и в Самарии (Ин. 4:8, 27, 31–33), на проповеди Христа в Капернауме (Ин. 6:22–25), при исцелении слепорождённого (Ин. 9:2), на пути в Вифанию перед воскрешением Лазаря (Ин. 11:7–16), во время проповеди «в стране близ пустыни, в городе, называемом Ефраим» (Ин. 11:54), при умовении ног ученикам (Ин. 13:5), а также когда происходит уверение апостола Фомы (Ин. 20:26–28). Кроме того, Иоанну Богослову принадлежит единственное свидетельство о том, что Крещение совершали ученики Иисуса Христа (Ин. 4:2), – исследователи предполагают, что и он сам был в их числе (Ин. 4:1–2). Дальнейшие события, связанные с Иоанном Богословом, описываются в книге «Деяния святых апостолов». В списке апостолов – свидетелей Пятидесятницы (Деян. 1:13) он упомянут сразу после апостола Петра, что соответствует его роли в Иерусалимской церкви. Иаков здесь определяется как «брат Иоаннов» (Деян. 12:2). Иоанн Богослов вместе с Петром совершают при храме чудо исцеления хромого (Деян. 3:1–11), их дерзновение в проповеди приводит к обращению многих (ср.: Деян. 4:31). Вместе с апостолом Петром они были арестованы, допрошены членами синедриона, которые, лишь «пригрозив, отпустили их, не находя возможности наказать их, по причине народа» (Деян. 4:15–23, особ. 21). Судя по упоминанию этой истории в Деян. 5:28, именно Пётр и Иоанн Богослов были теми апостолами, которых посадили в общественную тюрьму и которых освободил ангел (Деян. 5:17–21); затем после допроса синедрионом их «били… и, запретив им говорить об имени Иисуса, отпустили» (Деян. 5:27–42, особ. 40). Пётр и Иоанн Богослов посылаются к уверовавшим в Самарию и сталкиваются там с Симоном Волхвом, который предлагал им деньги за дар Божий (Деян. 8:14–25). На этом упоминания об Иоанне Богослове в «Деяниях святых апостолов» заканчиваются. В Посланиях апостола Павла Иоанн Богослов упоминается лишь однажды (Гал. 2.:). Здесь апостол Павел говорит о трёх «столпах», ставя на первое место Иакова, на второе – Кифу (т.е. Петра) и на третье – Иоанна Богослова. Во время путешествия апостола Павла в Иерусалим они подали ему «десницу», признав авторитет его апостольского служения. Им отводится проповедь обрезанным; они же заповедали Павлу заботиться о нищих (см. ст. Иерусалимский Собор апостолов). Предание о служении Иоанна Богослова на Патмосе основано на свидетельстве книги «Откровение»: откровение даётся Иоанну, который традиционно отождествляется с Иоанном Богословом.