Только евангелист Марк упоминает об участии апостолов Петра, Иакова, Иоанна Богослова и Андрея в беседе Христа на Елеонской горе перед Страстями (Мк. 13:3–37). Евангелист Лука (Лк. 22:8–13) уточняет, что Иисус Христос велел именно Петру и Иоанну Богослову приготовить пасхальную трапезу: этот элемент восходит, по мнению исследователей, к преданию иерусалимской общины. В Мф. 26:37 и Мк. 14:33 говорится о том, что Иисус взял Петра, Иакова и Иоанна Богослова в Гефсиманию. После этого по имени Иоанн Богослов в синоптических Евангелиях не упоминается. Имя Иоанна Богослова в синоптических Евангелиях иногда сопровождается уточняющими словами: в Лк. 5:10 – «сын Зеведеев» (точнее, «сыновья Зеведеевы» для Иакова и Иоанна); в Мк. 3:17; 5:37 (ср.: 1:19) – «брат Иакова»; в Мф. 4:21; 10:2; 17:1 – «брат его (Иакова)». Таким образом, Иоанн Богослов в синоптических Евангелиях представляется как один из первых и ближайших учеников Христа: вместе с апостолом Петром он готовит пасхальную трапезу, вместе с ним и апостолом Иаковом становится свидетелем самых великих чудес Христа: воскрешения дочери Иаира и Преображения, вместе с ними и с апостолом Андреем участвует в беседе о разрушении храма (Мк. 13:3; ср.: Мф. 24:1–28). Исследователи отмечают, что в Евангелии от Иоанна интерпретация возможных упоминаний Иоанна Богослова связана с рядом проблем. Во-первых, Иоанн Богослов в этом Евангелии по имени нигде не назван; «сыновья Зеведеевы» упомянуты лишь однажды (Ин. 21:2). Такое умолчание толкователи обычно объясняют скромностью автора. Во-вторых, в Евангелии от Иоанна не упоминается подавляющее большинство событий, в которых сам Иоанн Богослов, согласно синоптическим Евангелиям, принимал непосредственное участие. Единственное исключение – эпизод в Гефсимании (Ин. 18:1: «Иисус вышел с учениками Своими за поток Кедрон, где был сад, в который вошёл Сам и ученики Его»; здесь, однако, опущена молитва Иисуса Христа, при которой присутствовал Иоанн Богослов). Эту особенность исследователи также относят на счёт авторской скромности, равно как и объясняют общим характером четвёртого Евангелия, редко совпадающего с синоптическими в выборе эпизодов. В-третьих, главной проблемой, связанной с тем же вопросом об авторской скромности, является отождествление Иоанна Богослова с персонажем, который в Евангелии от Иоанна назван описательно: «Один из учеников…, которого любил Иисус» (Ин. 13:23), «ученик..., которого любил» (Ин. 19:26), «ученик, которого любил Иисус» (Ин. 20:2–9; 21:7; 21:20) и который написал это Евангелие (Ин. 21:24). В пользу такого отождествления говорит и имя евангелиста (в надписаниях появляется только в конце II в., но, судя по всему, как полагают исследователи, в традиции такое отождествление было с самого начала), и подробность описаний в той части четвёртого Евангелия, где упоминается анонимный «ученик, которого любил Иисус». В таком случае именно Иоанн Богослов возлежал на груди Христа на Тайной вечере (Ин. 13:23), стоял у креста и взял к себе Матерь Иисуса (Ин. 19:26–27), получил вместе с Петром от Марии Магдалины весть об исчезновении тела Христа из гробницы и поспешил туда (Ин. 20:2–3), узнал Господа при чудесном лове рыб (Ин. 21:3–8, особ. ст. 7); такое отождествление есть уже у Иринея Лионского.