Греческие рукописи, содержащие письма Исидора Пелусиота, исследователи делят на две группы: 1) рукописи, содержащие пронумерованные коллекции писем; 2) рукописи, содержащие сборники избранных писем (меньше 100), к которым относят также тематические флорилегии, «вопросоответы», апофтегмы, экзегетические катены, не имеющие сквозной нумерации. В некоторых рукописях первой группы письма разделены на две книги, что позволяет исследователям предполагать существование общего архетипа, в котором корпус писем имел такое деление. Подавляющее большинство рукописей, использованных в изданиях XVI–XIX вв., зависит от рукописи. Отрывки из писем Исидора Пелусиота, помещённые в экзегетические катены, заимствованы в большинстве случаев из первой части корпуса. Часто составители катен указывали номера писем, следовательно, вероятность того, что катены воспроизводят текст более древних писем, не вошедших в пронумерованные коллекции, по мнению исследователей, очень мала. Тексты, помещённые в катены, претерпевали, как правило, некоторые изменения, поэтому исследователи не считают их надёжными источниками. Ряд катен из писем Исидора Пелусиота сохранился в грузинской традиции в «Гелатской Библии» (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе, XII, XII–XIII вв.); это две катены на книгу Левит, одна катена на Второзаконие, одна катена на Книгу Судей. Некоторые письма Исидора Пелусиота входят в состав тематических флорилегиев догматического и аскетического характера (часть этих отрывков не идентифицирована). Древний латинский перевод 49 писем Исидора Пелусиота был осуществлён в 564 г. диаконом Рустиком в константинопольском монастыре акимитов. Этот перевод Рустик включил в свой «Синодикон против “Трагедии” Иринея», собрание писем, касающихся деяний третьего Вселенского собора. Из этих 49 писем некоторые были опубликованы архиепископом Джованни Доменико Манси; некоторые были изданы Ф.К. Лупом по рукописи монастыря Монте-Кассино. В 1911 г. Р. Эгрен опубликовал отдельно латинский перевод всех 49 писем. Э. Шварц включил их в издание «Деяний Вселенских Соборов». Латинский перевод диакона Рустика исследователи считают важным источником для реконструкции первоначальной нумерации корпуса писем Исидора Пелусиота; Рустик упоминает, что последнее из переведённых им писем соответствует последнему письму коллекции монастыря акимитов. Сирийская традиция остаётся малоизученной. Несколько писем Исидора Пелусиота содержатся в сирийских флорилегиях и катенах. Основной корпус писем Исидора Пелусиота на сирийском языке находится в кодексе Британской библиотеки IX в., включавшем первоначально 262 письма, переписанные неким Симеоном. Вследствие повреждения рукописи 64 письма из 262 утрачены, 25 писем содержат лакуны. Из 198 сохранившихся писем 46 пока не идентифицированы. Исследователи предполагают, что сирийский перевод был осуществлён с греческого оригинала в VI в. (письма 80–182 этого перевода следуют порядку греческой коллекции, остальные не имеют греческих аналогов). В рукописи XIII в. содержится около 30 писем Исидора Пелусиота, из которых девять не идентифицированы. Фрагменты сирийского перевода трёх писем Исидора Пелусиота содержатся в догматическом флорилегии Иоанна Марона (ум. около 707 г.), маронитского патриарха Антиохии.