Гермианский епископ Факунд в труде «В защиту Трёх Глав» упоминает об Исидоре Пелусиоте как о противнике Кирилла Александрийского. По мнению Пелагия (впоследствии папа Римский Пелагий I), Исидор Пелусиот заслуживал того, чтобы его осудили так же, как осудили некоторых восточных епископов (Акакия Веррийского, Андрея Самосатского, Иву Эдесского и др.) за их нападки на Кирилла Александрийского во время третьего Вселенского собора. По мнению исследователей, во время второго пребывания в пустыне Исидор Пелусиот был настоятелем монастыря, в котором поселился, и поэтому в апофтегмах он именуется аввой. По мнению исследователей, и упоминаемый в «Путеводителе» Анастасия Синаита авва (или «священник из Пелусия») – также Исидор Пелусиот. В пустыне Исидор Пелусиот серьёзно заболел, и некоторые ещё до его смерти позаботились о том, чтобы сохранить его одежды в качестве реликвий. В письмах Исидора Пелусиота исследователи не нашли никаких намёков на споры вокруг учения Евтихия Константинопольского и не упоминается о смерти Кирилла Александрийского. Это даёт исследователям основание предполагать, что Исидор Пелусиот умер до 444 г. Согласно Житию, Исидор Пелусиот дожил до 100 лет, в последний путь его торжественно провожали толпы народа. Византийские Синаксари помещают память Исидора Пелусиота под 4 февраля Под этой же датой он упоминается в Палестино-грузинском календаре. Александрийский арабский Синаксарь епископа Михаила Атрибского, а также коптская редакция арабо-яковитского Синаксаря включают под 10 амшира (4 февраля) биографическую заметку о жизни Исидора Пелусиота, близкую по содержанию к византийским синаксарям, с той лишь разницей, что увеличивают до 18 тыс. число составленных им писем и объясняют его бегство в пустыню желанием избежать епископства в Александрии. Эфиопский Синаксарь указывает память Исидора Пелусиота 10 яккатит (4 февраля) и полностью зависит от Александрийского Синаксаря. Присутствие памяти Исидора Пелусиота в Эфиопской церкви служит косвенным доказательством того, что он умер до четвёртого вселенского собора. Под той же датой (4 шбат) помещается память Исидора Пелусиота в некоторых сирийских Минологиях. В мартирологии Раббана Слибы Исидор Пелусиот назван «Исидором, епископом Харранским». В армянском Синаксаре Тер-Исраэла память Исидора Пелусиота помещается под 28 араца (4 февраля) и говорится о том, что он был «первым в Скиту». По мнению исследователей, смешение Исидора Пелусиота и Исидора Скитского происходит из-за смешения двух похожих названий местностей в Египте.