По словам Георгия Гемиста Плифона, Ипомона сочетала в себе разум и благородство, как ни одна другая женщина. За свою жизнь она никому не причинила зла и, напротив, многих облагодетельствовала; воспитывала детей в братолюбии и единомыслии, и если между ними возникали раздоры, то примиряла и увещевала их. В хронике Псевдо-Сфрандзи повествуется, как перед отъездом сыновей Ипомоны Димитрия и Фомы в свои уделы в Морее она заставила их дать страшные клятвы, что они не будут посягать на владения друг друга. Характеристики Ипомоны также приводятся в «Панегирике Мануилу II и Иоанну VIII Палеологам», в «Утешительном слове императору Константину XI на кончину его матери» Геннадия Схолария (впоследствии Константинопольский патриарх Геннадий II Схоларий), Иоанна Аргиропула и Иоанна Евгеника. Геннадий Схоларий называл Ипомону примером женских добродетелей и «святейшей из цариц», отмечая, что «не было никого, кто, придя к ней, не стал бы от общения с ней лучше». Ещё до пострига императрица особенно любила монахов и монашество. Из «Речи к императору Константину XI Палеологу» Иоанна Евгеника исследователи сделали вывод, что Ипомона была противницей унии, поскольку, когда Константинопольская церковь прекратила поминовение в диптихах почившего Иоанна VIII Палеолога, «эта святая мать, божественнейшая госпожа наша и владычица, праведно последовала этому, предпочтя естественной любви принятие Бога». «История» Михаила Критовула, «Хронография» Геннадия Схолария, краткие хроники и монодии на падение Константинополя отмечают совпадение имён первого и последнего византийских императоров и их матерей. Одна из кратких византийских хроник по неясной для исследователей причине называет Ипомону одноглазой. Местное почитание Ипомоны возникло в поствизантийский период в монастыре преподобного Патапия близ Лутраки. Туда была перенесена её честная глава. Точное время этого события исследователям неизвестно; по мнению исследователей, это произошло одновременно с перенесением сюда её племянником Ангелисом Нотарой мощей преподобного Патапия из пользовавшегося особым покровительством императрицы монастыря св. Иоанна Предтечи в константинопольской Петре. В конце ХХ в. почитание Ипомоны возродилось в церкви святителя Афанасия Великого в квартале Тисио в Афинах. Протопресвитер этого храма С. Макристатис стал одним из инициаторов канонизации Ипомоны. В 1992 г. Священный Синод Элладской православной церкви причислил Ипомону к лику святых и одобрил службу в её честь, составленную профессором Харалампосом Бусьясом. Память Ипомоне совершается 29 мая (в один день с памятью её сына Константина XI Палеолога, подобно совместному празднованию памяти равноапостольных Константина и Елены) и 13 марта (в качестве дня её смерти). Последнюю дату исследователи считают ошибочной: византийские хроники датируют кончину Ипомоны 23 марта. Портрет императрицы Елены вместе с мужем и тремя детьми сохранился на миниатюре из греческой рукописи «Ареопагитик». В пещерном храме монастыря преподобного Патапия сохранилась фреска поствизантийского периода (XV в.?) с изображением Ипомоны. Позднейшая икона Ипомоны, написанная в народном стиле, находится в иконостасе этого храма.