Церковной археологии в издании изначально отводилось скромное место. В основном, выходили статьи, посвящённые отдельным памятникам, например, «Раскопки развалин церкви св. Григория близ Эчмиадзина» архимандрита Месропа (Тер-Мовсесяна, 1903 г.), «Армянская церковь в Аруче» Николая Яковлевича Марра (1904 г.). Со временем (особенно с появлением «Вопросов реставрации») внимание к церковной археологии резко возросло, стали публиковаться большие отчёты об исследованиях, обобщающие статьи по типологии церковных памятников и методам их изучения и сохранения: «Церкви Псковского типа XV–XVI столетия» П.П. Покрышкина (1907 г.), «Церковь села Дубровиц» Михаила Витольдовича Красовского (1910 г.), «Савиновская церковь близ Казани» Н.М. Печенкина (1910 г.), «Упразднённый Николо-Сторожевский монастырь» Н.И. Репникова (1914 г.), «Спасо-Вифанский монастырь и его здания» Алексея Алексеевича Захарова (1916 г.) и др. С 1913 г. в «Известиях Императорской археологической комиссии» публиковались материалы по церковным рукописям и др., например, «Житие святых епископов Херсонских в грузинской Минее» (1913 г.). Автором многих методических разработок по реставрации был П.П. Покрышкин: «Краткие советы для производства точных обмеров в древних зданиях» (1905 г.), «Проветривание зданий, особенно холодных» (1910 г.), «Краткие советы по вопросам ремонта памятников старины и искусства» (1915 г.) и др. По мнению исследователей, сохраняет своё значение до сих пор подборка материалов, посвящённая истории и применению на практике законодательства по охране памятников в России и за рубежом: «Охрана памятников и родины в современных законодательствах» Карла Альберта Виланда в переводе Густава Густавовича Зоргенфрея (1906 г.), «Попечение о памятниках старины в европейских государствах» Герарда Болдуина Брауна в переводе Петра Васильевича Латышева (1907 г.), «Новый устав Австрийской Центральной Комиссии попечения о памятниках» (1912 г.), «Новый французский закон об исторических памятниках» в переводе П.В. Латышева (1916 г.), «Краткий очерк истории законодательных мер по охране памятников старины в России» Виктора Фёдоровича Смолина (1917 г.). Эти публикации послужили основой разработки законодательства Российской империи в сфере охраны памятников. В качестве приложения к «Известиям Императорской археологической комиссии» с 1902 г. выходила «Археологическая хроника», в которой, в частности, размещалась информация о деятельности научных обществ, как правило за предшествующие полгода. Всего вышло 32 выпуска хроники. В 1918 г. Археологическая комиссия была преобразована в Российскую государственную археологическую комиссию, а в 1919 г. – в Российскую академию истории материальной культуры, после чего выпуск «Известий Императорской археологической комиссии» прекратился.