В 1560 г. Антиохийский патриарх Иоаким IV отправил вместе с купцом Василием Поздняковым Ивану IV Грозному в числе даров частицу мощей Иакова Персиянина («Россия и греческий мир в XVI в.». М., 2004 г., том 1). Ещё одна частица была подарена в 1603 г. царю Борису Годунову посланником Константинопольского патриарха архимандритом Феофаном. В первой половине XVII в. частицы мощей Иакова Персиянина неоднократно привозились в Москву из Северной Греции: в 1622 г. – архимандритом Феодором из Хиландарского монастыря и строителем Авксентием из Эсфигмена, в 1628 г. – Феофаном, одним из епископов Фессалоникийской митрополии, в 1629 г. – Паисием, митрополитом Фессалоникийским, в 1630 г. – Софронием, архиепископом Кассандрийским. Частицы мощей этого святого вставлены во многие кресты и мощевики, хранящиеся в музее «Московский Кремль»: в воздвизальный крест (Великий Новгород (?), вторая половина XII – первая четверть XIII вв.), в панагию-мощевик Ивана IV Грозного (XVI в.), в складень-мощевик новгородского боярина Семёна Трусова, подаренный им Московскому митрополиту Филиппу (Великий Новгород, 1561/1562 г.), в крест-мощевик царя Михаила Фёдоровича (Москва, 1619–1633 гг.), в крест-мощевик (Москва, начало XVII в.), в крест напрестольный 1622 г., в крест благословенный 1677 г. из Благовещенского собора. В 1629 г. посольство молдавского господаря Мирона Барновского преподнесло царю Михаилу Фёдоровичу Романову серебряный ковчег с мощами Иакова Персиянина (ныне хранится в Благовещенском соборе Государственного музея Московского Кремля). Помимо этого ковчега мощи Иакова Персиянина находились в других ковчегах среди мощей разных святых: в мощевике 1599 г. вместе с мощами пророка Даниила и священномученика Афиногена, в мощевике 1603–1604 гг. с мощами Ефрема Сирина и в несохранившемся мощевике 1600 г. с мощами апостола Варнавы и мученика Христофора. На крышках этих реликвариев помещался чеканный образ Иакова Персиянина. В Благовещенском соборе Московского Кремля, согласно описи 1680–1681 гг., хранилось четыре частицы мощей Иакова Персиянина. В описи Образной палаты 1669 г. значится две частицы мощей этого святого. Мощи Иакова Персиянина были почитаемы в период Нового времени. Два серебряных ковчега с мощами святого находились в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга. Перед царскими вратами хранились главные святыни собора: частицы привезённой в 1625 г. в Москву ризы Спасителя, ковчежец с частью главы Иакова Персиянина, почитавшегося как целитель детских болезней, а также серебряный складень с разными мощами. Мощи находились в антиминсе, предназначенном на престол храма св. Андрея Критского, возведённого близ станции Сергиева под Санкт-Петербургом в память спасения царской семьи во время крушения поезда 30 октября 1888 г. под станцией Борки. Память Иакова Персиянина отмечается в Типиконе Великой церкви IX–XI вв. 27 ноября без богослужебного последования. В Студийско-Алексиевском Типиконе 1034 г., содержащем самую раннюю сохранившуюся редакцию студийского Синаксаря, 27 ноября указаны посвящённые Иакову Персиянину канон второго гласа и два цикла стихир-подобнов. В рукописных славянских Минеях студийской традиции кроме канона и цикла стихир указывается два седальна Иакову Персиянину.