В ноябре того же года Иннокентий (Борисов) подал в Синод это ходатайство вместе со своей запиской о создании в Таврике «Русского Афона». В числе первоочередных мест, подлежащих восстановлению, архиепископ Иннокентий (Борисов) называл и Инкерманский комплекс. По примеру афонского пустынножительства он предлагал учредить из всех св. мест Крыма единое иноческое братство с центром в Бахчисарайском в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре, «прочие же священные места с их церквами и часовнями будут почитаться его отраслями, под названием киновий». С высочайшего соизволения (15 апреля 1850 г.) указом Святейшего Синода Инкерманская киновия была включена в список древних святынь, подлежащих восстановлению, освящена архиепископом Иннокентием (Борисовым) во имя священномученика Климента и отнесена к разряду заштатных. В ней полагалось быть иеромонаху с двумя или тремя послушниками, жалованье на киновию не отпускалось, содержание предполагалось за счёт пожертвований, доходов, получаемых с земли, и процентов от ценных бумаг. Богослужения в монастыре начались после освящения 15 ноября 1852 г. главного храма (бывшего Георгиевского) во имя священномученика Климента. 24 октября 1854 г., во время Крымской войны (1853–1856 гг.), в районе Инкермана произошло кровопролитное полевое сражение русских и англо-французских войск, вошедшее в историю как «Солдатское сражение», или «Сражение без карты». Из-за незнания местности, плохой координации действий, замедленного ввода резервов, недооценки нарезного оружия неприятеля русские войска отступили. Потери со стороны русских составили 11,3 тыс. человек, со стороны неприятеля – 5,7 тыс. человек. После окончания войны один из участников Инкерманского сражения, унтер-офицер Никита Андреевич Коновченко, организовал сбор средств, и над братской могилой павших воинов в устье Каменоломной балки были установлены крест и ограда, а в 1885 г. сооружена мемориальная часовня. Ежегодно в день сражения братия совершала крестный ход от обители к часовне. В ходе Инкерманского сражения 1854 г. крепость и монастырь были обстреляны артиллерией англичан и французов, несколько ядер попало в пещерные храмы. В мае 1856 г., после окончания Крымской кампании, архиепископ Иннокентий (Борисов) сообщил в Синод о разрушенных церквах Севастопольского округа и предложил начать их восстановление с «церкви в скале Инкерманской», в которой, по его мнению, был необходим только иконостас. Так в Климентовском храме был устроен парусиновый иконостас, снятый с одного из кораблей, затопленных в Севастопольской бухте во время обороны города; монастырь стал хранителем не только древних, но и современных реликвий. Разорённая киновия возрождалась. В пещерах, очищенных от пуль и ядер, поселились, согласно определению Синода, иеромонах и два послушника. По распоряжению начальника 11-й пехотной дивизии генерал-лейтенанта Сергея Гавриловича Веселитского, в ведомстве которого находились Инкерманские высоты, в монастыре был поставлен караул, и заведена специальная «тетрадь для внесения пожертвований на обновление церкви».