В многовековой истории Инкерманского монастыря неоднократно чередовались периоды запустения и возрождения. Дату первого запустения называет священник Иаков Лызлов: «после царьградского взятья, лет с десять спустя», т.е. 1463 г. Однако источник такой датировки не исключает разорения обители османами в 1475 г. С захватом турками Крымского полуострова (1475 г.) Каламита вошла в состав турецкого кадылыка (военно-административного округа) и переименована в Инкерман, а в конце XVI – начале XVII вв. перестроена применительно к новым условиям – для использования огнестрельного оружия. На протяжении XIV–XVII вв. в районе Каламитского порта шла оживлённая торговля. Здесь продавали пленников, захваченных во время набегов крымских ханов на Украину, Россию, Польшу. В состоянии полного запустения застал монастырь польский посол к крымскому хану Мартин Броневский (1578 г.); он не увидел в инкерманских пещерах ни одного храма, хотя его восхищение пещерами, высеченными «с удивительным искусством», несомненно, адресовано им, обработанным более тщательно, чем пещеры хозяйственного или оборонительного назначения. Судя по сохранившимся жалованным грамотам, в XVII в. об инкерманской церкви «Егория Страстотерпца, что в Корсуни», ещё действующей, но очень бедствующей, знали русские цари, оказывавшие нуждающимся православным храмам в мусульманском Крыму материальную поддержку. Историки, начиная с А.Л. Бертье-Делагарда, считали, что помощь оказывалась храму на мысе Фиолент, но, согласно новым интерпретациям, которые представляются исследователям более логичными, церковь «Егория Страстотерпца», указанная в русских жалованных грамотах и в грамоте греческого митрополита Иосифа, исследователи готовы отождествить с инкерманским храмом великомученика Георгия. Турецкий путешественник Эвлия Челеби, описывая Инкерман (1666–1667 гг.), упоминает «200 злочастных домов греческих неверных и один их храм». Первое подробное описание монастыря сделано в XVII в. священником Иаковом Лызловым, посетившим Крым в составе русского посольства к крымскому хану от царя Михаила Фёдоровича. Он застал обитель разорённой, но регулярно посещаемой местными христианами. В записях священника Иакова содержится уникальное описание интерьера монастырского пещерного комплекса до его переделок в процессе реставрационных работ середины XIX в.: «Под тем же городком полу тоя горы есть древняя християнская церковь, высеченная из горского камня, как во Пскове у Пречистыя Богородицы, в церкви же писано все стенное письмо и от многих лет полиняло, а олтарь разорён; в ней четыре столпа, толстота вокруг четырёх пядей, позади ж убо леваго клыроса стоит гробница камена длина двунадцети пядей, высота в пояс, как двум лечи широта, а в гробнице земля, а над гробницею выделана каруна, как у Петра Митрополита, в небе у каруны писан Саваоф, оба-полы его Пророцы, над гробницею на стене писаны два Святыя: с правую руку Святый ростом не велик, одежда на нём, как и на Дмитрее Царевиче, приволока багор на золоте, испод празелен, в руке держит меч в ножнах; с левую руку Святый написан ростом велик, одежда как на Дмитрее Мученике Селунском, верхняя риза багор с золотом, изпод празелен, верхняя пуговица застёгнута, в левой руке держит выспрь крест; подписки главы оборучаны, стены стесаны, во гробнице лежат мощи наги нетленные... В тои же гробнице земля, в земле подле тех мощей другие мощи, кости наги.