Монастырь, по мнению исследователей, был основан в XIV–XV вв. К нему также примыкает пещерный комплекс в районе железнодорожной станции Инкерман-I. В поздневизантийский период в окрестностях Инкермана появились ещё два небольших пещерных скита – в Георгиевской и Троицкой балках, каждый из которых имел храм, жилые и хозяйственные помещения. Инкерманский монастырь теснейшим образом связан с крепостью Каламита, руины которой (с 1978 г. – филиал Национального заповедника «Херсонес Таврический») сохранились на плато Монастырской скалы. Каламита была портом, связывающим Херсонес с дорогами, идущими из степной части Крыма. Напротив крепости находился каменный трёхарочный мост через реку Чёрную; его остатки ещё сохранялись в конце ХVIII – начале XIX вв. В истории крепости исследователи выделяют два периода. Раннесредневековый (VI–VII вв.) связан с её основанием; по мнению ряда современных исследователей, крепость была сооружена в VI в., когда в конце VI – VII вв. византийские императоры построили на подступах к северному форпосту Византии Херсону (Херсонесу) цепь укреплений, где затем несли службу представители местных племён – федераты империи. Стены и монументальные здания возводились силами местного населения под руководством византийских инженеров с привлечением артелей Херсона. Среди немногих памятников этого периода исследователям известно надгробие Фотина с горы Сахарная Головка. Первоначальное название крепости исследователям неизвестно. На венецианской морской карте XIII в. пункт в конце Северной бухты назван Газария, на генуэзской карте П. Весконте (1318 г.) и портулане итальянца Бенинказы (1474 г.) – Каламира (Каламита). В XV в., после захвата полуострова, турки переименовали Каламиту в Инкерман (пещерную крепость). Второй период связан с активной государственной и строительной деятельностью мангупского князя Алексея, возродившего в ХV в. древнюю крепость для защиты порта феодоритов. С именем князя может быть связан фрагмент надписи с типичными для феодоритской эпиграфики рельефными буквами (утрачены, фото хранится в фотоархиве Институте истории материальной культуры РАН). Однако в Национальном заповеднике «Херсонес Таврический» хранится квадр из башни №5 с изображением кораблей и надписью: «1320-1321 гг.», что свидетельствует о функционировании крепости в начале XIV в. Крепость имела шесть башен (высота 12 м), соединённых четырьмя куртинами (высота 8–10 м, толщина 1,2–4 м); в башне №1, расположенной у западного обрыва скалы, были въездные ворота. Площадь, ограждённая крепостными стенами, составляла 1500 кв. м, общая длина оборонительных сооружений – 234 м. Первоначально, до захвата Таврики турками, монастырь входил в состав Готской епархии Константинопольского патриархата. После соединения в 1678 г. Готской митрополии с Кафской обитель оказалась в составе объединённой Готско-Кафской епархии, в то время единственной на полуострове. В 1783 г., после присоединения Крыма к Российской империи, епархия (и соответственно Инкерманский монастырь) вышли из юрисдикции Константинопольского патриархата, став частью РПЦ.