Со времени преподобного Феодосия для поселения в затворе необходимо было разрешение игумена, которое, как правило, получали уже опытные монахи. Начало местного почитания Исаакия исследователи относят к концу XI – началу XII вв. Об этом свидетельствует наличие краткого повествования о святом в древнем Житии Антония Киево-Печерского (вторая половина XI в.), а также упоминание Исаакия в числе 13 наиболее авторитетных печерских отцов, изгнавших беса из Никиты затворника. В каноне преподобным отцам Киево-Печерским, составленном Мелетием Сиригом около 1643 г., Исаакий упоминается в третьей песни: «Исакий, премногими страдании низложивый диаволскую прелесть, Тя, Христе, молит избавити от тогожде искушений». В 1684–1690 гг., при киево-печерском архимандрите Варлааме (Ясинском; впоследствии Киевский митрополит), установлено празднование преподобным отцам Ближних пещер в первую субботу по отдании праздника Воздвижения Креста Господня, тогда же была составлена служба Собору. Общецерковное почитание Печерским отцам установлено указами Святейшего Синода 1762, 1775 и 1784 гг., согласно которым было разрешено печатать службы Киево-Печерским преподобным и вносить их имена (в том числе Исаакия) в общецерковные московские месяцесловы. С 1843 г. совершается празднование Собору всех Киево-Печерских святых и святых, в Малой России просиявших. Исаакий почитался в Торопце. В XIX в. в Благовещенской церкви бывшего Харитонова Кудинского монастыря под Торопцом хранились гроб Исаакия, привезённый из Киева купцом П. Абоконовым, и частица мощей святого, принесённая в обитель в 1711 г. игуменом Кудинского монастыря Иосифом. Иконописные подлинники по-разному описывают облик Исаакия. Так, согласно Строгановскому подлиннику конца XVIII в., он «сед или надсед, в схиме или клабуке чёрном, брада Сергиева, разсохата, ризы преподобническия, испод вохра» (Библиотека Академии Наук). Выговский иконописный подлинник третьей четверти XVIII в. даёт краткую характеристику: «Сед, брада Зосимы Соловецкого» (Российская национальная библиотека); в подлиннике 1820 гг. сказано: «Надсед, брада на конце поострее Никоновы, на плечах клобук, риза преподобническая, руки присовокупил к сердцу, и с лестовкой» (Российская национальная библиотека). В руководстве для иконописцев Виктора Доримедонтовича Фартусова 1910 г. внешность Исаакия описана следующим образом: «...Типа рускаго, телом очень худ от поста, волосы просты, борода средней величины, с большой проседью, во власянице, в убогой обуви и грубой убогой свите». Самые ранние из известных изображений Исаакия, по мнению исследователей, сохранились на миниатюрах из Радзивиловской летописи конца XV в. (Библиотека Академии Наук). В «Повести об основании Печерского монастыря» Исаакию посвящён развёрнутый цикл из десяти сюжетов: искушение Исаакия двумя бесами, назвавшимися ангелами; поклонение Исаакия бесу, явившемуся ему в образе Христа; бесовское игрище в келье Исаакия; послушание Исаакия в монастырской поварне; поимка ворона по желанию повара; беседа Исаакия с игуменом; испытание в огненной печи; избавление Исаакия от бесов с помощью крестного знамения; изгнание бесов в облике диких зверей; погребение Исаакия игуменом Иоанном и братией. На трёх первых миниатюрах, изображающих сцены Жития, в которых Исаакий поддаётся бесовскому искушению, он показан без нимба.