С приходом к власти в 750 г. династии Аббасидов центр Халифата переместился в Месопотамию, что негативно отразилось на экономике Сиро-Палестинского региона. В Средние века в Иордании, как и в других регионах Ближнего Востока, экологический кризис был вызван деградацией растительного покрова на склонах Заиорданского плато и эрозией плодородной почвы. Сведений по истории Иордании в аббасидский период сохранилось немного. Арабские географы X в. описывали земледельческие поселения на плодородных плато, но те же источники сообщали о многократном проникновении бедуинов в регион и упадке экономики. Сохранялось значительное христианское население, в частности, в селении Вади-Муса близ Петры, где существовал православный монастырь. По территории Иордании проходили важнейшие караванные пути и дорога хаджа из Сирии в Аравию. Египетские караваны паломников встречались с сирийскими в Айле, которая оставалась важным административным и торговым центром. Археологи обнаружили в городе следы строительных работ IX–XI вв. В 969 г. регион перешёл под номинальный контроль Фатимидов. Вплоть до 1029 г. власть над Палестиной и Заиорданьем оспаривали у Фатимидов арабские племена бану тайй во главе с династией Джаррахидов. В 981/982, 996, 1008, 1011–1014, 1024 гг. Джаррахиды поднимали восстания, наносили поражение фатимидским войскам, захватывали Айлу и прерывали движение хаджа. Фатимиды часто предпринимали ответные походы, в области к югу от Мёртвого моря, бывшие оплотом мятежных бедуинов. В 1071 г. Палестина перешла под власть Сельджуков. В начале XII в. Заиорданье считалось сферой влияния тюркской династии Буридов, правившей в Дамаске, однако тюрки не держали постоянных военных гарнизонов в этом регионе. Начиная с 1100 г. крестоносцы, овладевшие Иерусалимом, беспрепятственно совершали набеги на Заиорданье. Территории к востоку от Иордана оказались зоной, разделявшей владения крестоносцев и правителей Дамаска. Периодически иерусалимские короли брали дань с заиорданских земель, организовывали переселение местных христиан в Иерусалим. До начала 1170 гг. армии крестоносцев пересекали Заиорданье в ходе военных экспедиций в Южную Сирию. Наряду с этим крестоносцы установили контроль над областями к востоку и югу от Мёртвого моря. После ряда походов на Вади-Муса иерусалимский король Балдуин в 1115 г. построил в южной Иордании крепость Монреаль (Эш-Шаубак). В 1116 г. Балдуин достиг Айлы, население которой покинуло город морским путём. Несколько позже в районе Акабского залива крестоносцы построили ещё одну крепость. К востоку от моря крестоносцам принадлежал замок Крак-де-Моав (совр. Эль-Карак, основан в 1142 г.). Владея сетью крепостей, иерусалимские короли изолировали Сирию от Египта, поставили под угрозу движение торговых и паломнических караванов. Маршрут египетского хаджа стал проходить по Красному морю. В ответ на угрозу крестоносцев мусульмане возводили в регионе свои фортификации. В конце XII в. при айюбидском султане Салах-ад-Дине были построены крепости в Хауране и замок Аджлун, контролировавший Северное Заиорданье. В 1170 г. египетский флот захватил Айлу. В 1170–1180 гг. мусульманские армии неоднократно осаждали Крак.