В 1516–1517 гг. Ближний Восток был завоёван османами. Заиорданские территории были объединены в санджаки Аджлун и Карак-Шаубак, входившие в состав Дамасского пашалыка. Во главе этих административных единиц обычно были вожди племён, доминирующих в регионе. В XVI – начале XVII вв. ведущую роль в Заиорданье играл клан Кансух, опиравшийся на поддержку населения Аджлуна и союз с рядом бедуинских племён. Его представители неоднократно занимали посты санджакбеев Эль-Карака и Аджлуна, возглавляли караваны хаджа из Дамаска, подавляли бедуинские мятежи. Снабжение и охрана хаджа были одной из главных обязанностей османской администрации в Заиорданье. Лидеры различных племенных группировок боролись между собой за доступ к административным постам и периодически выходили из повиновения османской власти. Тем не менее, императорский центр на протяжении XVI в. сохранял контроль над Заиорданьем. Подтверждением этому могут служить проводившиеся там переписи населения и налогооблагаемых имуществ. При всей своей неполноте эти статистические данные позволяют исследователям судить о демографических процессах в регионе. Крупнейшими городами Заиорданья были Аджлун (в 1596 г. – 350 семейств, из них 23 христианские), Эс-Салт (39 мусульманских и 25 христианских домов) и Эль-Карак (78 мусульманских семейств и 103 христианские семейства). Всего христианское присутствие было зафиксировано в 22 селениях. Переписи отражают продолжавшуюся миграцию христиан и другого осёдлого населения из районов, прилегающих к пустыне, в более безопасные местности на побережье. С XVII в. контроль османских властей над Заиорданьем был утрачен. Продолжалась экспансия кочевых племён, прежде всего, группировки аназа, мигрировавшей из Аравии в Сирийскую пустыню в XVII–XVIII вв. Среди земледельческого населения возродились родоплеменные отношения по образцу окружавших кочевников. Христианские племенные группы вступали в отношения покровительства или союза с соседними мусульманскими племенами. Нормы шариата в отношении христиан не применялись, их статус определялся числом вооружённых людей, которые могло выставить то или иное христианское селение. Иерусалимские патриархи почти не поддерживали контакты со своей заиорданской паствой. Единственная попытка Иерусалимского патриарха Досифея II утвердить в конце XVII в. архиерейский престол в Аджлуне закончилась тем, что поставленный туда митрополит вернулся в Иерусалим из-за политической нестабильности в округе. Путешественники начала XIX в. сообщают о победе кочевников. Остатки земледельческого населения, в том числе беглецы из соседних районов, сконцентрировались в самой северной части Заиорданья, между реками Ярмук и Зарка, но и этот ареал продолжал сокращаться. К югу от этой зоны осёдлое население удерживало только город Эс-Салт, между ним и Эль-Караком не осталось ни одной обитаемой деревни. В конце XIX в. османское правительство стало принимать меры по восстановлению контроля над Заиорданьем. В регионе размещались воинские гарнизоны, строились телеграфные линии и шоссейные дороги, в 1900–1908 гг. была проложена Хиджазская железная дорога.