Попытка содержать рыцарей непосредственно на территории монастыря оказалась неудачной, т.к. привела к беспорядку, поэтому повинность была переложена на держателей монастырских земель. Монастырь Или находился на территории епископства с центром сначала в Дорчестере, а с 1072 г. – в Линкольне, однако не подлежал юрисдикции местного епископа, что стало причиной долгого конфликта между Линкольнскими епископами и настоятелями Или. Так, Линкольнский епископ Ремигий долгое время отказывался возвести в должность назначенного в 1081 г. настоятелем Симеона, бывшего монаха руанского аббатства Сент-Уан и приора Уинчестера. При Симеоне начинается подъём монастыря. Новый аббат сумел вернуть многие владения Или и начал перестройку монастырской церкви. После смерти аббата Симеона (1093 г.) монастырь в течение семи лет находился под управлением короля (возглавлял Или ближайший советник короля Вильгельма Рыжего Ранульф Фламбард, впоследствии епископ Даремский). После гибели короля Вильгельма в 1100 г. Генрих I назначил настоятелем Ричарда (1100–1107 гг.), монаха из нормандского монастыря Бек. В 1113 г. настоятель Ричард поддержал Кентерберийского архиепископа Ансельма в его конфликте с королём, за что был смещён, однако после его визита вместе с Ансельмом в Рим папа Пасхалий II восстановил его в должности. При Ричарде было завершено строительство новой монастырской церкви. 17 октября 1106 г. туда перенесли мощи св. аббатис Этельтриты, Сексбурги, Эрменхильды и Вербурги. Чтобы окончательно разрешить спор с епископом Линкольнским о юрисдикции, Ричард предложил королю организовать новое епископство и придать аббатству Или статус епископской кафедры. Вопрос о создании нового епископства обсуждался на синоде в Лондоне, а также в переписке короля и Кентерберийского архиепископа Ансельма с папой Пасхалием II. Первым епископом нового епископства Или (в его состав вошли владения аббатства Или и почти вся территория современного графства Кембриджшир) стал Гервей, монах бретонского происхождения, в 1092 г. назначенный епископом Бангорским (в Уэльсе), но оставивший кафедру из-за конфликта с паствой. Епископ Линкольна в качестве материальной компенсации получил манор (поместье) Сполдуик (в графстве Хантингдоншир, ныне графство Кембриджшир). Имущество монастыря было поделено между монахами и новым епископом (ему отошло больше двух третей). Доля монахов составила шесть маноров на «острове Или», шесть – в Кембриджшире, 12 – в Саффолке; они сохранили также виноградники, церковь Пресвятой Девы Марии в Или вместе с десятиной, а также доход от пожертвований монастырю. После проведённых изменений монашеская община была преобразована в кафедральный приорат каноников во главе с приором, которого назначал епископ. Поскольку епископ являлся настоятелем монастыря, теоретически приор и братия имели право его избирать, однако на практике большинство епископов назначались королём, а выборы, проведённые в монастыре, игнорировались. После смерти Гервея (1131 г.) епископская кафедра в Или оставалась вакантной до 1133 г., когда её занял казначей короля Генриха I, Ниджел. Он много времени проводил при дворе, а для управления епископством назначил клирика Ранульфа Солсберийского, деятельность которого вызвала недовольство монахов.