Хозяйственными делами монастыря в это время руководил монах Лев, который провёл реорганизацию поместий, определил чёткую границу «острова Или» и выкопал ров, позже известный как «Аббатова канава» (этот ров обозначал границу монастырских владений, а также служил дренажной канавой). После смерти короля Эдгара Или стал объектом нападок со стороны местной знати, которая покушалась на привилегии монастыря и стремилась вернуть себе отнятые у них (как им казалось, неправедно) земли. По мнению исследователей, с целью защиты привилегий и владений был создан свод документов, использованный впоследствии при составлении «Книжицы епископа Этельвольда». В дальнейшем монастырь находился под покровительством правителей из англо-датской династии – короля Кнуда I Великого (1016–1035 гг.) и его жены Эммы, вдовы короля Англии Этельреда II (978–1016 гг.). В Или нашёл приют сын Этельреда и Эммы, Альфред, который воспитывался у своих родственников – нормандских герцогов – и после прибытия в Англию в 1036 г. стал жертвой междинастической борьбы. По повелению преемника Кнуда I Великого, Гаральда Заячьей Стопы (1035–1039 гг.), Альфред был схвачен и ослеплён, после чего его передали на попечение монахам Или. Там он вскоре скончался (1136 г.) и был похоронен в западной части церкви монастыря (по преданию, на месте его погребения случались чудеса). После нормандского завоевания монастырь пришёл в упадок. «Остров Или» стал одним из центров англосаксонского сопротивления нормандцам. Начиная с 1069 г. (как полагают исследователи, с 1170 г.) в Или располагался отряд короля Дании Свена II Эстридсона. Тогда же в Или, по мнению исследователей, прибыл и Херевард, один из предводителей восстания против короля Вильгельма Завоевателя. Или был осаждён нормандцами, которым, несмотря на серьёзное сопротивление мятежников, в 1071 г. всё же удалось взять «остров» штурмом. Скорее всего, как полагают исследователи, они смогли добиться успеха не без помощи монахов, показавших им (в обмен на определённые гарантии и обещание вернуть монастырю конфискованные владения) безопасный проход через болота. После подавления мятежа аббатство было оштрафовано на 1 тыс. марок, однако прежний аббат, англосакс Турстан, поставленный в 1066 г. последним англосаксонским королём Гарольдом II, сохранил свою должность. Только после смерти Турстана в 1072 г. настоятелем стал нормандец – Теодвин, монах из французского аббатства Жюмьеж, который отказывался вступить в должность до тех пор, пока король не вернёт всё конфискованное имущество Или. В 1075 г., при аббате Годфриде, была проведена инвентаризация владений монастыря. В 1080 г. сводный брат короля, Одо, епископ Байё, собрал в Кентфорде представителей светской и духовной знати, чтобы решить вопрос о конфискованных землях аббатства Или. По решению ассамблеи, подтверждённому указом короля, предписывалось вернуть монастырю всё имущество, когда-либо ему принадлежавшее. В рамках всеобщей поземельной переписи («Книга Страшного Суда»), проведённой в Англии в 1085–1086 гг. по приказу короля Вильгельма Завоевателя, была сделана опись монастырского имущества («Inquisistio Eliensis»). Монастырь был обязан королю службой сорока рыцарей.