Газета «Osservatore Romano», опубликовавшая заявление Т. Иннитцера, также подчеркнула, что «Торжественная декларация» была подписана без одобрения Папского престола. Вскоре после аншлюса Т. Иннитцер выступил против принятых нацистскими властями законодательных изменений, допускавших гражданский брак и развод, а также ущемлявших деятельность католических школ. 7 октября 1938 г. в соборе св. Стефана Т. Иннитцер обратился с проповедью к католической молодёжи, где подчеркнул, что для католиков есть только один истинный «фюрер» – Иисус Христос. На следующий день около сотни членов гитлерюгенда разгромили дворец архиепископа, во время нападения нацистов Т. Иннитцер и несколько сотрудников курии архиепископства были ранены. Протесты кардинала и венские события ускорили аннулирование нацистскими властями конкордата, после которого последовали постепенное закрытие католических учреждений, ликвидация католической прессы и массовые преследования духовенства. Отойдя от участия в политической жизни, кардинал сосредоточился на сплочении католической церкви в Австрии и на оказании помощи пострадавшим от нацистского режима. Благодаря созданной Т. Иннитцером в 1940 г. «службе архиепископства по работе с католиками неарийского происхождения» были спасены многие австрийские евреи и цыгане, которым оказывалось содействие в эмиграции в США и Бразилию. Также в этот период Т. Иннитцер поддерживал различные преобразования в приходской жизни, в том числе развитие литургического движения и распространение предложенной пресвитером П. Паршем формы мессы, допускавшей более активное участие прихожан в богослужении (так называемое Betsingmesse), исполнение общиной отдельных песнопений на немецком языке. После окончания Второй мировой войны кардинал сосредоточился на вопросах восстановления и нормализации жизни католической церкви в Австрии. Стараниями Т. Иннитцера к 1952 г. был восстановлен пострадавший от бомбардировок и пожара венский кафедральный собор св. Стефана. 8 октября 1945 г. по инициативе Т. Иннитцера для развития диалога между научными и церковными кругами была открыта Венская католическая академия. С 1950 г. Венским архиепископством фактически управлял коадъютор титулярный Маронийский архиепископ Франц Яхим, что было связано с преклонным возрастом Т. Иннитцера и его сложным положением в австрийском обществе, где многие католики критически отзывались о его поддержке правительств Э. Дольфуса и К. Шушнига и о приветствии аншлюса Австрии. Погребён в кафедральном соборе св. Стефана в Вене.