Впоследствии частицы мощей были переданы в другие римские церкви. Согласно надписи 1123 г. об освящении церкви Санта-Мария ин Космедин, среди святынь храма была рука Ипполита. Глава мученика хранилась в ризнице базилики св. Лаврентия, в 1740 г. часть её была передана в ораторий Распятия (Сантиссимо-Крочифиссо). По другим сведениям, мощи Ипполита и пострадавших с ним святых были помещены папой Львом IV (847–855 гг.) под алтарём церкви святых Увенчанных мучеников (Санти-Куатро Коронати). При перестройке церкви в 1111 г. под алтарём обнаружили мощи многих святых, в том числе Ипполита, о чём сообщалось в составленной по этому случаю надписи. В Средние века мощи Ипполита почитались в аббатстве Сен-Дени (Франция). Согласно различным источникам, они были привезены в Галлию аббатом Фульрадом (749/750 – 784 г.), который получил их во время одного из посещений Рима. По мнению исследователей, Фульрад способствовал широкому распространению почитания мученика на территории государства Каролингов. Первоначально мощи хранились в монастыре, основанном Фульрадом в селении Аудальдовиллар (Фульрадовиллар, ныне Сент-Ипполит, департамент Верхний Рейн), о котором упоминается в его завещании (777 г.): «...Обитель, что зовётся Аудальдовиллар, где почивает святой Ипполит». Впоследствии святыня была перенесена в монастырь Сен-Дени. Перенесение мощей обычно приписывается аббату Гильдуину (814 – 840/844 гг., например, в «Церковной истории» Гуго из Флёри, около 1120 г.). Однако в сказании о перенесении мощей св. Вита, составленном между 837 и 847 гг., утверждается, что мощи Ипполита были доставлены в Сен-Дени Фульрадом. Римский папа Александр III, посетивший аббатство в 1163 г., чудесным образом удостоверился в подлинности мощей, от которых впоследствии стали совершаться исцеления. Благодаря тому, что мощи Ипполита хранились в Сен-Дени, почитание мученика получило распространение в Париже, где с 1158 г. Исследователям известно о существовании приходской церкви во имя Ипполита. В позднейшей традиции инициатива перенесения мощей Ипполита приписывалась императору Карлу Великому. Согласно сказанию о святых, почивающих в Сен-Дени (первая половина XIII в.; включено в состав «Жития и деяний блаженного Дионисия»), Карл Великий лично забрал из Рима мощи святых Александра, Ипполита и Кукуфата. После кончины императора его племянник Фульрад перенёс мощи Ипполита и Кукуфата в Сен-Дени. В сочинении монаха Ива об истории монастыря Сен-Дени (окончено в 1317 г.) утверждается, что в 816 г. аббат Фульрад обнаружил мощи Ипполита и Кукуфата в некой церкви, где их оставил император Карл Великий. В «Галльском Мартирологе» (1636 г.) А. дю Соссея сообщается, что Карл получил святыни от папы Льва III. Часть мощей Ипполита хранятся в селении Сент-Ипполит, в приходской церкви, построенной в XIV в. на месте бывшего приората. Сохранился готический реликварий XV в. с фигурами Христа, 12 апостолов и Ипполита (ныне в музее Унтерлинден, Кольмар). Изображение Ипполита было помещено на гербе Сент-Ипполита, зарегистрированном в 1697 г. На серебряном реликварии 1766 г. и статуе XVIII в., которые хранятся в приходской церкви, Ипполит изображён в одеянии воина и с конём. Мощи Ипполита почитаются также в городе Роджено (провинция Лекко, Италия). Святыня была привезена из Рима в Милан в качестве дара кардинала Федерико Борромео, архиепископа Миланского (1595–1631 гг.). В 1786 г. по указанию архиепископа Филиппо Марии Висконти мощи были переданы в приходскую церковь в Роджено.