Согласно рукописному византийскому календарю XII в., синаксис святым проходил в Константинополе в посвящённом им мартирии без уточнения его местоположения. Несмотря на то что в греческом Мученичестве Ипполиту указан день кончины святого 13 августа, в календаре Элладской православной церкви отдельная память Ипполита не зафиксирована; он поминается с Лаврентием и Сикстом 10 августа. Совместная память трёх святых под 10 августа содержится в Великих Минеях Четьих митрополита Макария. Ростовский митрополит Димитрий внёс в «Книгу житий святых» общее сказание об Ипполите, Иринее, Авундии и Конкордии, заимствованное из западных источников. На этом основании память четырёх мучеников указана в календаре РПЦ под 13 августа. В 1881 г. Дж. Б. Де Росси определил местонахождение катакомбы с криптой, в которой был похоронен Ипполит на Тибуртинской дороге. Катакомба представляла собой пятиярусный комплекс подземных помещений, в центре которого находилась крипта с гробницей мученика. В 1975 и 1977 гг. памятник был повторно исследован Г. Бертоньером, который обнаружил остатки самой ранней крипты (4,56х4,50 м) и первоначальное место захоронения святого. По сообщению Пруденция, в начале V в. алтарь над могилой мученика был украшен серебром и драгоценными камнями. На стене над гробницей находилась фреска, послужившая основой для описания казни Ипполита в «Венцах мучеников». Над катакомбой была построена базилика, предназначенная для многочисленных паломников, приходивших сюда в день памяти Ипполита со всей Италии. Исследователи полагают, что храмовый комплекс пострадал во время военных столкновений между византийцами и остготами (536, 546, 549 гг.). Обновление усыпальницы Ипполита (крипта была существенно расширена, дополнена нартексом и монументальным порталом) исследователи приписывают папе Вигилию (537–555 гг.). О катакомбе и базилике Ипполита упоминается в описаниях римских святынь VII в. Согласно Зальцбургскому итинерарию («Notitia ecclesiarum urbis Romae», первая половина VII в.), мощи Ипполита почивали в подземном склепе (in cubiculo), перед входом в который находилась гробница Конкордии; в другом кубикуле находились могилы мучениц Трифонии и Кириллы (якобы жены и дочери императора Деция), а также мученика Генесия Мима. Согласно итинерарию «О гробницах мучеников в окрестностях г. Рима» («De locis sanctis martyrum quae sunt foris civitatis Romae»), там же находилась темница св. Лаврентия. Римский папа Адриан I (772–795 гг.) провёл в катакомбе восстановительные работы. О крипте Ипполита упоминается в источниках XII в., однако к этому времени, как полагают исследователи, храмовый комплекс пришёл в упадок. В Риме существовало ещё несколько церквей, посвящённых Ипполиту. В надписи пресвитера Илиция (конец IV в.) упоминается о церкви или капелле (memoria sancti martyris Yppoliti), которая находилась на холме Эсквилин. Исследователи полагают, что храм действовал до первой половины XIV в., когда был заброшен и впоследствии разрушен. В 962 г. впервые упоминается о второй церкви, расположенной в районе Треви, которая действовала до второй половины XVI в. После того как базилика и катакомбы Ипполита на Тибуртинской дороге были заброшены, мощи святого перенесли в расположенную поблизости базилику св. Лаврентия (Сан-Лоренцо фуори ле Мура).