Подобное размещение изображений было обусловлено размерами низкого и широкого купола, где не умещались три регистра фигур святых сообразно их рангу, а подкупольные устои не были рассчитаны на роспись (многогранность ствола, орнаментированные капители и базы), так что живописец был вынужден занимать дополнительные площади. Роспись южного рукава утрачена полностью, под большим окном сохранилась только подпись: «Святой Константин». В северном рукаве были представлены частично сохранившиеся композиции «Благовещение Пресвятой Богородицы», «Рождество Христово», «Сретение Господне», «Преображение Господне», «Распятие», «Снятие с Креста», на откосах северного рукава – изображения великомученицы Варвары и великомученицы Марины. На северной и южной стенах западного рукава храма был размещён ктиторский ряд (не сохранился). В углах пилястр западной стены читались исполненные красной краской надписи на асомтаврули – имена изображённых представителей таойской ветви грузинской царской династии Багратиони – Адарнасе III Куропалат (881/889 – 923 гг.), его отец царь Тао Баграт I Магистр (937–945 гг.) и его сын эристав эриставов Баграт, строитель Ошки; на южной стене – фрагменты изображения царских одежд византийского образца. Э.С. Такаишвили допускает, что здесь также находились портреты таойских Багратиони, поскольку в Ошки сохранились аналогичные барельефные изображения эристава эриставов Баграта и его брата царя Тао Давида III Куропалата (вторая половина X в. – 1001 г.) в императорской византийской одежде. Здесь же были представлены образы св. воинов великомученика Георгия и великомученика Феодора Стратилата. На западной стене находились фрески, посвящённые библейским сюжетам. Сохранились фрагменты надписи: «...И перед Авраамом», частично – декоративный орнамент стен и окон, состоящий из листвы и цветов. В нижнем регистре северного рукава видны фрагменты росписи XII в. Здесь были представлены поясные фигуры семи святых, написанных чёрной краской, читаются подписи к четырём: святитель Николай, архиепископ Мирликийский; апостол Иаков, брат Господень; апостол Андрей Первозванный; апостол Лука. Кафоликон Ишхани имеет богатые эпиграфические памятники. На внешних стенах храма содержатся три лапидарные надписи XI в. Две из них – строительные времени правления архиепископа Антония (I), касающиеся проводимых реставраций. На архитраве южного входа помещена обширная надпись, выполненная асомтаврули, борозды букв заполнены синей краской (частично сохранились). Строки расположены полукругом, заключительные буквы последнего слова текста – вертикально и продольно, образуя крест. Надпись имела декоративную функцию и являлась элементом убранства храма. Её текст состоит из двух частей: первая – адоративная и восславляет царя Георгия I; во второй, обширной части сообщается, что архиепископ Антоний (I) возобновил южный портал храма (не сохранился) при жизни царя Георгия I. Надпись содержит ценные исторические сведения, в ней упомянут отец Георгия I царь Баграт III. Надпись 1032 г. была высечена на южной стене храма. Она начинается в одну строку на левой пяте навершия второго южного окна, обрамляет окно и, распадаясь на десять строк, заканчивается на правой части стены.