В жертвеннике изображены стол, ангелы и купольная церковь, сохранилась часть подписи: «Раскройте врата, праведные, и внемлите Создателю неба и земли». Над окном диаконника помещалась композиция «Успение Пресвятой Богородицы», на северной стене в надписи читается слово «Капернаум». Лучше всего сохранилась роспись купола с композицией вознесения Креста ангелами (аналогичные композиции в росписях Пархали, Манглиси, Никорцминде и др.). На синем фоне, усеянном звёздами, в медальоне представлен богато декорированный, равноконечный, почти белый крест. Медальон держат четыре ангела в хитонах и гиматиях разного цвета (использованы белый, голубой, синий, зелёный) и с крыльями розово-коричневого цвета. Рукава креста украшены камнями, из перекрестия выходят лучи, мандорла окружена радужным облаком. Т. Вирсаладзе отмечает, что «горизонтально развёрнутые фигуры летящих ангелов, красиво заполнившие свод купола, способствовали впечатлению его ширины и мощи и поэтому охотно изображались художниками XI в. (Манглиси, Ишхани, Хахули, Атени?)». Ниже, в своде купола, помещена композиция «Апокалиптическое видение пророка Захарии». По сторонам света изображены четыре запряжённые крылатыми разномастными конями колесницы с возницами, указывающими на Крест. Грузинские надписи, выполненные асомтаврули, соотносятся по содержанию (но не всегда точно следуют греческим и еврейским текстам Ветхого Завета) с описанием видения пророка Захарии (Зах. 6:1-6): «В первую колесницу были впряжены кони чёрные» (северная сторона), «А с западной стороны – кони белые», «И в колесницу южную были впряжены кони каштанового цвета», «А с востока – пёстрые». Э.С. Такаишвили отмечает, что грузинские слова, обозначающие масти лошадей, «более архаичны, чем мы видим в поздних списках Библии». Над северной колесницей, ниже ног ангелов, находится персонифицированное изображение луны (в диске помещена полуобнажённая женская фигура с луком в руке верхом на быке или олене); над южной колесницей – изображение солнца (диск гладкий). В южной части купола под колесницей находилась аллегорическая фигура полуобнажённой женщины на рогатом звере в круге, которую Э.С. Такаишвили трактует как вавилонскую блудницу и отмечает, что это довольно редкое изображение для росписи купола (аналогичное известно только в росписи купола Манглиси). В вершинах арок барабана над окнами помещены 16 круглых медальонов с погрудными изображениями ангелов. На восьми гранях барабана находились изображения пророков в рост с развёрнутыми свитками. Новые восемь окон, сделанных, по мнению Э.С. Такаишвили, при достройке Ишхани в 1032 г., значительно повредили роспись. Т. Вирсаладзе, указывая на слабые возможности строительной техники того времени, не способной пробить ровные круглые окна, практически не повредив края живописи, считает, что живописец для того чтобы разместить монументальные фигуры пророков, заложил и заштукатурил восемь из 16 первоначальных окон барабана, сделав роспись поверх них. Со временем закладки выпали, и в живописи образовались круглые отверстия, особенно пострадали головы пророков. В восьми больших окнах барабана были помещены 24 изображения святых (погрудное – в арке, в полный рост – на обоих откосах каждого окна). Сохранились надписи с именами некоторых воинов-мучеников: Димитрия Солунского, Фоки, Сергия Римлянина, Феодора Стратилата, Мины, Прокопия Кесарийского, Геронтия, Конона Памфилийского.