В 1006 г. южнее кафоликона царь Тао Гурген II (ум. в 1008 г.) выстроил в Ишхани малую церковь во имя Богородицы. При Ишханском архиепископе Антонии (I), современнике царей единой Грузии Баграта III (975–1014 гг.), Георгия I (1014–1027 гг.) и Баграта IV (1027–1072 гг.), было закончено строительство кафоликона Ишхани. Серебряная икона Симеона Столпника (1020 гг., Государственный музей истории Грузии) выполнена по заказу архиепископа Антония (I) и содержит его прижизненное изображение. В центральной части иконы, справа от столпа преподобного Симеона, выбита надпись, позволяющая исследователям представить состояние Ишхани в это время: «Убогий Антон Цагерели в бытность мою в Ишхани нашёл красивое место заброшенным и обустроил, и святомy Симеонy пожертвовал, и создал эту икону, в церкви её установил для помощи души моей; кто малое это моё услужение изменит, святой Симеон будет покорителем его перед Христом в тот День Суда, аминь». Архиерей изображён в полный рост слева от поясной фигуры столпника, по сторонам от него выкована надпись: «Антон Цагерели». По мнению Валерия Ивлиановича Силогавы, архиепископ Антоний занимал Цагерскую кафедру, когда посетил Ишхани и нашёл монастырь в запустении. Он возродил «красивое место» и заказал золотых дел мастеру Филипе икону преподобного Симеона. Историк считает, что факт дарения кафоликону Ишхани именно этой иконы может указывать на раннее посвящение церкви преподобному Симеону Столпнику. В 1014–1027 гг. архиепископ Антоний (I) выстроил кафоликон Ишхани и включил в него хорошо сохранившиеся до того времени части предыдущей постройки. На стенах храма исследователи различают две принадлежащие архиепископу Антонию (I) строительные надписи: первая – на архитраве южного входа о возобновлении южного портала храма (начало XI в.); вторая (1032 г.) – на южной стене храма о завершении строительства. К этому времени были окончательно достроены стены кафоликона и поставлен купол. В надписи упомянут зодчий Иване Морчаис-дзе. По наблюдению праведного Евфимия Такаишвили, в этот период «храм... получил те богатые украшения, которые и теперь восхищают нас великолепием и изяществом выполнения». К этому времени исследователи относят вырезанные на камнях и вставленные в разные участки стен храма орнаментальные процветшие кресты. На северной стене кафоликона Ишхани есть ещё одна обширная лапидарная надпись, сохранившаяся фрагментарно. Исследователи полагают, что она была вытесана в период царствования Баграта IV и во время управления Ишханской епархией архиепископом Антонием (I). В 1033 г. ишхнели архиепископ Иларион (II) (Масурис-дзе) пожертвовал Ишхани Местийское Четвероевангелие. По его заказу был переписан также сборник аскетических сочинений (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе). Из надписи середины XII в. (по мнению исследователей, 1155 г.), выполненной на среднем нефе северной стены кафоликона Ишхани архиепископом Ишханским Игнатием, исследователям известно, что Ишхани владел недвижимым имуществом. В частности, упоминается о возвращении Ишхани царём всей Грузии Димитрием I (Деметре; 1125 – 1155/1156 гг.) села Лозни, попавшего в залог.