Имеется несколько свидетельств существования в XII–XIII вв. маронитского монастыря св. Иоанна в окрестностях Куцовендиса, однако недавние исследования показали, что его невозможно отождествлять с одноимённым греческим монастырём. Об истории монастыря Иоанна Златоуста близ Куцовендиса после установления на Кипре латинского владычества (1192 г.) исследователям известно мало. Несколько упоминаний XIII–XV вв. свидетельствуют о том, что он продолжал действовать как православный. В 1301 г., во время путешествия по Кипру, в монастыре Иоанна Златоуста близ Куцовендиса провёл несколько месяцев францисканский монах и философ Раймунд Луллий, написавший трактат «Новая риторика». Исследователи полагают, что в XV в. (точная дата исследователям неизвестна) в монастырь Иоанна Златоуста близ Куцовендиса была перенесена из заброшенной церкви в городе Хитры (близ современной Китреи) глава преподобного Епифания, одного из так называемых Аламанских святых. В период венецианского владычества (1489 – 1570/1571 гг.) монастырь Иоанна Златоуста близ Куцовендиса продолжал существовать, хотя уже не был независимым и подчинялся находящемуся неподалёку монастырю Пресвятой Богородицы «Апсинфиотиссы». В это время в монастыре Иоанна Златоуста близ Куцовендиса были проведены некоторые ремонтно-строительные работы, однако у исследователей нет никаких сведений о работе художников или скриптория. Вскоре после захвата турками Никосии 9 сентября 1570 г. монастырь Иоанна Златоуста близ Куцовендиса был разграблен, а его здания и земли конфискованы. Но уже в 1589 г. монастырь снова действовал: некий Луциос заказал для него икону Иоанна Златоуста. Василий Григорьевич Григорович-Барский, посетивший монастырь Иоанна Златоуста близ Куцовендиса в 1735 г., записал монастырское предание, согласно которому ранее подчинявшийся архиепископу монастырь после захвата турками был продан в частное владение некоему знатному киприоту. Тот через некоторое время отправился в паломничество на Святую землю и пожертвовал своё имущество Иерусалимскому патриархату, которому монастырь принадлежит по сей день. В 1735 г. в монастыре Иоанна Златоуста близ Куцовендиса было пять или шесть монахов, и теперь уже монастырь Пресвятой Богородицы «Апсинфиотиссы» находился в его подчинении. В.Г. Григорович-Барский также передаёт легенду об основании монастыря некой принцессой, исцелившейся от болезни в близлежащем источнике, однако эти сведения ничем не подтверждаются. Другие путешественники XVII–XVIII вв. оставили интересные сведения о монастыре. Голландец Корнелис де Брёйн, посетивший монастырь Иоанна Златоуста близ Куцовендиса в 1683 г., сообщил, что в обители кроме игумена было 11 монахов и три священника, и что кельи были недавно перестроены после пожара. Он выполнил замечательное описание кафоликона с позолоченным иконостасом, установленным пятью годами раньше, и рисунок общего вида монастыря. Количество насельников на протяжении XVIII–XIX вв. оставалось небольшим, а монастырские здания, включая оба храма, стояли в полуразрушенном состоянии. В конце XIX в. было решено снести кафоликон. На его месте в ноябре 1891 г., при Иерусалимском патриархе Герасиме I и архимандрите Кирилле (Карагеоргакисе), был построен новый храм.