В конце IX – X вв. монастырь был восстановлен при поддержке королей из Саксонской династии. Несмотря на то что Инден потерял былой статус образцового монастыря (schola monachorum), восточнофранкские короли продолжали отводить ему важную роль в своей церковной политике. С 948 г. аббатство напрямую подчинялось королям. В 973 г. германский император Оттон II восстановил привилегию прямых выборов аббата братией. Сохранилась грамота императора Оттона III от 985 г., в которой подтверждалось право Индена на торговлю и чеканку монеты. При Оттонах увеличились монастырские владения: к уже имевшимся прибавились поместья по среднему Рейну (Биллиг, Нидеркастенхольц, Райхенштайн) и Маасу (в 1060 г. там был основан каноникат Склен). Аббаты Индена обладали правом короновать германского короля в Ахене, если по каким-либо причинам это не мог сделать архиепископ Кёльнский; они выступали имперскими посланниками при папском дворе (например, после коронации Оттона IV в 1198 г.). В 1234 г. аббатство перешло в зону влияния графов Юлиха, что в дальнейшем привело к ухудшению отношений аббатов Индена с архиепископами Кёльна и Ахеном. В результате одного из конфликтов между графством Юлих и городом Ахен в 1310 г. ахенцы захватили монастырь и разрушили его. В ответ на это император Генрих VII (1311–1313 гг.) и папа Климент V обязали горожан восстановить Инден на свои средства. Середина XIV – XVI вв. – время расцвета монастыря, когда он стал одним из главных паломнических центров архиепископства Кёльн. В 1472 г. и в 1500–1532 гг. к трёхнефной романской церкви конца X в. были пристроены два боковых нефа. В XVII–XVIII вв. аббаты Индена неоднократно предпринимали попытки отстоять независимость обители от архиепископов Кёльна. В 1690 г. архиепископ Йозеф Клеменс Баварский (1688–1723 гг.) подал в Имперский камеральный суд прошение признать подчинение монастыря Кёльнской кафедре, однако тогда однозначное решение вынесено не было, Индену удалось сохранить независимость. В 1758 г. этот вопрос был вновь поднят архиепископом Клеменсом Августом (1723–1761 гг.) и решён в пользу архиепископа: аббатство и его владения стали полностью подчиняться Кёльнской кафедре. В 1706 г. построена восьмиугольная капелла св. Корнелия. Строительство сохранившегося до настоящего времени аббатского дворца было начато при аббате Гиацинте Альфонсе фон Слуйсе (1713–1744 гг.) и закончено при Карле Людвиге фон Зиккинген-Эбернбурге (1745–1764 гг.).