На Народно-церковном соборе, который с разрешения австрийских властей прошёл в Крушедоле 6 января 1708 г. с участием Христофора Игната, специального посланника императора Иосифа I, Стефан (Метохиец) снял свою кандидатуру с выборов, а Исаия отказался от идеи независимости, после чего был единогласно избран митрополитом. Его митрополичьей кафедрой был определён монастырь Крушедол, что фактически ознаменовало учреждение самостоятельной Крушедольской (впоследствии Карловацкой митрополии). В присяге, текст которой утвердили депутаты Собора, Исаия поклялся хранить верность православию, противостоять унии, признавать старшинство Печского патриарха и хранить верность правящему Габсбургскому дому. В его управление была передана область, включавшая Срем и Осечко-Поле: Исаия выбрал местом своего пребывания город Сремски-Карловци, где в середине мая 1708 г. состоялось первое заседание архиерейского синода Крушедольской митрополии. Затем Исаия прибыл в Вену для получения конфирмации (утверждение в должности) и передал императору Иосифу I петицию о нуждах сербского народа и церкви в империи. В 11 пунктах петиции содержались просьбы о подчинении всех и даже будущих сербских православных епископов в империи Крушедольскому митрополиту до тех пор, пока не будет освобождён из-под турецкой власти престол Сербского патриарха в Печском монастыре; о равноправном положении православных с католиками и об отказе от практики принуждения православных отмечать католические праздники; о невмешательстве властей в назначения на церковные должности и о свободе духовенства при выполнении обязанностей. В петиции упоминалось и о том, что если митрополит или епископ примут унию, то следует их лишать сана, а на их место выбирать другого иерарха. Петиция осталась без ответа. 24 мая 1708 г. император Иосиф I утвердил избрание Исаии «архиепископом иллирийского или сербского народа греческого обряда», но через два месяца Исаия скоропостижно скончался. Похоронен в монастыре Крушедол.