Списки уже изданных или готовящихся к изданию духовно-музыкальных сочинений публиковались как в виде отдельной брошюры, так и на четырёх сторонах обложки нотных изданий. Каталог духовной музыки входил в общий издательский каталог фирмы (где занимал самостоятельный 45-й отдел) или печатался отдельным выпуском: «Каталог духовно-музыкальных сочинений» (1887 – 1914/1915 гг.). Помимо каталогов собственных изданий П.И. Юргенсон выпустил ряд каталогов под общим заглавием «Всеобщий каталог музыки всех стран» (франц. «Catalogue général de musique de tous les pays»), которые фиксировали наличие на торговых складах изданий почти всех русских и зарубежных фирм. Подобно «Всеобщему каталогу музыки всех стран» П.И. Юргенсон составил и с 1894 г. издавал «Всеобщий каталог духовно-музыкальных сочинений», где были представлены издания не только фирмы П.И. Юргенсона, но и других российских издательств. Например, в 10-м издании каталога (1912 г.) указаны издания, напечатанные и/или поступившие на склад издательства в 1911 г. В нём представлено 3722 названия сочинений, из которых 2382 выпущены фирмой П.И. Юргенсона, 1340 – другими издательствами (Гутхейля, Придворной певческой капеллой, Селиверстова, Леопаса, музыкальным магазином «Нотно-книжное дело» и проч.), 888 – за счёт авторов, 65 – без указания издательства. Данные каталога показывают очевидное преимущество фирмы П.И. Юргенсона в деле печатания и продажи нот духовно-музыкальных произведений. В каталоге указаны фамилии композиторов, названия сочинений, издатели, при необходимости приводятся тональность, состав хора и уточняющие сведения о гласах и распевах. В отличие от других реестров и каталогов предшествующего времени в каталоге П.И. Юргенсона всегда указаны вид издания («партитура» или «голоса») и номер издательской доски. Эти характеристики важны при идентификации изданий. П.И. Юргенсон издал сочинения почти 140 известных и малоизвестных композиторов, среди них: протоиерей Дмитрий Аллеманов, Антон Степанович Аренский, А.А. Архангельский, М.А. Балакирев, Д.С. Бортнянский, Александр Егорович Варламов, протоиерей Михаил Виноградов, П.М. Воротников, Михаил Иванович Глинка, А.Т. Гречанинов, Андрей Петрович Есаулов, Василий Александрович Жданов, протоиерей Василий Николаевич Зиновьев, Михаил Михайлович Ипполитов-Иванов, Виктор Сергеевич Калинников, А.Д. Кастальский, Николай Иванович Компанейский, протоиерей Михаил Александрович Лисицын, Леонид Дмитриевич Малашкин, протоиерей Василий Михайлович Металлов, А.В. Никольский, Василий Михайлович Орлов, Михаил Андреевич Остроглазов, Александр Фомич Петрушевский, Владимир Иванович Ребиков, С.В. Рахманинов, А. Рождественский, Юрий Сергеевич Сахновский, Николай Нилович Толстяков, протоиерей Пётр Турчанинов, П.И. Чайковский, Николай Николаевич Черепнин, Александр Григорьевич Чесноков, Павел Григорьевич Чесноков, Константин Николаевич Шведов и др.