Во «Введении» ученика Мартина Лютера датчанина Петера Пладе (1503–1560 гг.; латинизированное Пётр Палладиус), вышедшем в 1557 г. (немецкий перевод в 1639 г.), особое внимание уделяется структуре и композиции книг Ветхого Завета: для каждой из книг приводится чёткое членение на жанрово-смысловые части с указанием глав и стихов, а также даётся краткое обоснование такого членения. Наиболее ранним сочинением, знаменующим новую эпоху в исагогике, с характерным для неё отказом от следования церковной традиции, исследователи считают труд одного из деятелей Реформации Андреаса Рудольфа Карлштадта «De canonicis scripturis libellus» (1520 г.; опубликовано Карлом-Августом Креднером). Сочинение содержит историко-критический анализ канона Священного Писания (на основе сравнения двух свидетельств о каноне – Августина Блаженного и Иеронима Стридонского), включающий мнение А.Р. Карлштадта об авторстве книг Ветхого Завета (отрицалось авторство Моисея в отношении Пятикнижия). Как направление в библейской науке исагогика, основанная на историко-критическом методе, сформировалась в XVII в. Голландский философ Бенедикт (Барух) Спиноза, как полагают исследователи, под влиянием английского философа Томаса Гоббса, в сочинении «Богословско-политический трактат» изложил фундаментальную программу рационалистического исследования Ветхого Завета. Его наблюдения, касающиеся происхождения канона и отдельных книг Ветхого Завета, имели большое значение для исагогики Ветхого Завет историко-критического направления. Исагогику Ветхого Завета XVII–XVIII вв. исследователи делят на два типа: так называемая critica sacra (критика священного текста, или текстология) и introductio (введение, традиционный исагогический материал). Различия между этими двумя типами они видят на примере работ Йогана Готлиба Карпцова, который написал «Введения» в Ветхий Завет обоих типов. Если его «Critica sacra» посвящена наиболее общим вопросам – текстологии, герменевтике и догматике Ветхого Завета, то в «Introductio ad libros Veteri Testamenti canonicos» (1721 г.) даются начальные сведения, необходимые для истолкования Ветхого Завета, а также обсуждается возникновение канона. Таким образом, разделение на critica sacra и introductio приблизительно соответствует разделению на общую и частную исагогику. Родоначальником critica sacra, исследователи склонны считать Л. Капеллуса (1650 г.), сочинения подобного типа создали А. Пфайфер (1680 г.) и Жан Ле Клерк (латинизированное Иоанн Клерикус). С XVII в. авторы «Исагогик» начали обсуждать вопросы происхождения и исторической интерпретации библейских книг. Первым таким введением стало «Isagoge seu introductio generalis ad scripturam sacram Veteris et Novi Testamenti» (1627 г.) француза Андре Риве (латинизированное Андреас Риветус), в котором, в частности, отразилось новое понимание соотношения Откровения и восприятия его человеком: впервые подчёркивается роль последнего в создании библейских книг. Автор «Критической истории Ветхого Завета» католик Р. Симон (1685 г.; английский перевод: 1682 г.) обосновывает отрицание Моисеева авторства всего Пятикнижия. Однако для исследователей важно то, что Р. Симону удалось представить программу экзегезы Ветхого Завета совершенно нового типа, основанной на критическом прочтении текста. Сочинение Р. Симона посвящено, главным образом, общей исагогике, в центре его внимания – вопросы истории текста Ветхого Завета.