В этот период канонисты обратились к изучению инкорпорации, хотя интерес был и раньше (см., например, комментарии папы Римского Иннокентия IV на «Liber Extra» (глоссы к титулам «De iure patronatus», «De donationibus», «De privilegiis» и др.), глоссу Иоанна Андреа (около 1338 г.) к титулу «De iure patronatus» в его комментариях на Декреталии Григория IX). Ряд историков (П. Ландау и др.) отмечают в это время первые случаи употребления термина «инкорпорация» для обозначения новой практики. В конце XIV в. папа Римский Бонифаций IX из финансовых соображений безуспешно пытался зарезервировать исключительное право на инкорпорации за Папским престолом. В конце XIV – XVI в. существовали две основные формы инкорпорации, восходившие к двум видам частных храмов в церковной собственности, которые зафиксированы с XI–XII вв.: инкорпорация в собственное пользование (in usus proprios) и инкорпорация в собственное пользование и по полному праву (in usus proprios et pleno iure). При инкорпорации в собственное пользование обладатель частной церкви имел право получать доходы с прихода (за вычетом содержания викария) и представлять на утверждение епископу кандидатуру постоянного викария для служения на приходе; при этом епископ сохранял определённый контроль за назначением на приходские должности и пастырскую деятельность клириков. Инкорпорация в собственное пользование и по полному праву помимо полного распоряжения доходами разрешала обладателю частной церкви назначать и заменять временного викария на приходе без уведомления местного епископа; богослужения в таких храмах, как правило, совершали так называемые expositi (присланные, откомандированные), т.е. пресвитеры из монастыря, посланные на приход аббатом. В XIII–XIV вв. количество инкорпорированных приходов постоянно росло, наряду с переходом патронатных прав от мирян к церкви умножая имущество монастырей, каноникатов, кафедральных и коллегиатных капитулов, епископств (особенно в части так называемого mensa – имущества, доходы с которого шли на содержание епископа и клира кафедрального собора), церковных и благотворительных учреждений (особенно городских госпиталей и приютов), а также университетов. В позднее Средневековье в разных регионах Европы от одной трети до двух третей всех приходов были инкорпорированными или патронатными. На очень широкое распространение институтов патроната и инкорпорации указывают укоренившиеся в европейских языках обозначения приходского священника терминами «викарий» (англ. vicar, т.е. заместитель настоятеля) и «кюре» (англ. curate; франц. curé; испан. cura; итал. curato; от лат. cura animarum – попечение о душах). Большой масштаб инкорпорации и патронат имели также в Южной Германии и Австрии. Так, к концу XV в. в Констанцском епископстве около трети приходов были под светским патронатом, большая часть оставшихся была инкорпорирована в монастыри, и только немногие находились в полной юрисдикции правящего епископа. Активное формирование в XV–XVI вв. территориальных княжеств в Германии привело к складыванию княжеского патроната, при котором князь в принадлежавших ему приходских церквах имел все права «in temporalia et spiritualia», т.е. распоряжался приходским имуществом, решал вопросы замещения должностей и осуществления инкорпорации (например, австрийские эрцгерцоги Альбрехт VI и Сигизмунд провели инкорпорацию своих патронатных приходов во Фрайбургский университет (основан в 1457 г.), при этом папскую санкцию их пожалования получили лишь в конце XV в.).