Подобные решения отражали общую тенденцию в Константинопольской церкви к сокращению числа епархий в областях, где греческие православные общины приходили в упадок. В это же время монастырь святителя Николая Диамантара на острове Хиос был преобразован в ставропигиальный. 7 июля 1651 г. был утверждён общежительный устав для женского монастыря св. бессребреников Космы и Дамиана в Афинах. Через год после возведения на престол Иоанникий II Линдиос был сменён патриархом Кириллом III, после которого Константинопольской церковью короткое время управляли патриархи Афанасий III Пателларий и Паисий I. Третий период патриаршества Иоанникия II Линдиоса продолжался чуть больше полугода: он возвратился на престол, несмотря на старость, после низложения патриарха Паисия. В начале 1654 г. Иоанникий II Линдиос был арестован османскими властями и посажен в тюрьму, поскольку оказался не в состоянии уплатить крупные долги Константинопольской патриархии Высокой Порте. После трёхнедельного заключения Иоанникий II Линдиос был освобождён, но был вынужден покинуть престол, который вновь был передан патриарху Кириллу III и вскоре – Паисию I. До 1655 г. Иоанникий II Линдиос жил на острове Хиос в имении патриарха Паисия. В марте 1655 г., после второго низложения патриарха Паисия I, Иоанникий II Линдиос в четвёртый раз был возведён на патриарший престол. В последний период патриаршества он продолжил реорганизацию епархий. В 1655 г. к митрополии Писидии присоединена кафедра Тианы, образована митрополия Деркоса (пригород Константинополя во Фракии) и в неё включены кафедры Терапии и Бююкдере; к Афинской митрополии были присоединены епархии Таландиона и Давлии; объединены митрополии Неврокопа (ныне Гоце-Делчев, Болгария) и Зихны (ныне Палья-Зихни, Северная Греция). В апреле 1655 г. Критский митрополит Неофит передал Константинопольской патриархии семь монастырей и пять деревень на Крит. Передача, как полагают исследователи, была связана с напряжённой ситуацией на острове, недавно завоеванном османами в ходе продолжительной Венециано-турецкой войны (1645–1669 гг.), с желанием Высокой Порты укрепить контроль над греческими общинами Крита. В 1655–1656 гг. Иоанникий II Линдиос принимал иеромонаха Арсения (Суханова), посещавшего Константинополь и Святую Гору Афон по поручению Московского патриарха Никона для приобретения греческих рукописей и досок для икон. В 1656 г. Иоанникий II Линдиос отправил в дар русскому царю Алексею Михайловичу главу мученика Агафоника и частицу главы великомученика Феодора Стратилата. После того как в июле 1656 г. Иоанникий II Линдиос отрёкся от престола, он до конца жизни управлял епархией островов Кея и Термия.