В конце концов, поскольку «тетради» получили большое распространение, Константинопольский  патриарх Каллиник II Акарнан и Иерусалимский патриарх Досифей II Нотара приняли решение созвать Собор в субботу первой седмицы Великого поста 1691 г. Итогом Собора стало составление томоса. В его первой части на основе «Исповедания православной веры» патриарха Досифея II Нотары, вошедшего в заключительную шестую часть актов Иерусалимского собора 1672 г., излагается православное учение о сущностном изменении хлеба и вина в Тело и Кровь Господа и реальном присутствии всего Христа в евхаристии. Во второй части речь идёт непосредственно о термине: утверждается его тождественность святоотеческому термину «преложение»; поясняется, что церковь воспользовалась словом «пресуществление» в целях борьбы с еретиками, отрицающими сущностное преложение Даров, для более ясного изложения истины, поскольку святоотеческие термины многозначны и могут толковаться по-разному. Затем составители томоса Собора ссылаются на использование термина «пресуществление» у православных греческих богословов XV–XVII вв. и в «Православном исповедании» Петра (Могилы), отрицая заимствование термина у латинян, что исследователи считают не совсем корректным с исторической точки зрения. В заключительной части томоса ещё раз утверждается православность слова «пресуществление» и провозглашаются анафемы всем приемлющим и распространяющим «тетради» Иоанна Кариофилла и ему единомысленным. На следующий день после Собора, в Неделю Торжества Православия, патриархи и архиереи отслужили Божественную литургию. Затем патриарх Досифей II Нотара произнёс проповедь, во время которой разорвал одну из «тетрадей» и анафематствовал всех тех, кто их переписывал. Хотя Иоанн Кариофилл и подписал соборный томос, он не изменил своих воззрений (как это следует, например, из написанного в июле 1692 г. письма Константинопольскому патриарху Дионисию IV, где он снова отвергает термин «пресуществление») и, в конце концов, был вынужден покинуть Константинополь и эмигрировать в Валахию, где и скончался. Спустя некоторое время после заседания Собора, а именно 14 марта 1691 г. (дата указана на оборотной стороне грамоты), патриарх Досифей II Нотара послал соборную грамоту Московскому патриарху Адриану вместе с печатным изданием сочинения Мелетия Сирига «Опровержение кальвинских глав Кирилла Лукариса» и актов Иерусалимского собора 1672 г. (в настоящее время грамота хранится в Государственном историческом музее). После прибытия в Москву соборное деяние было переведено на славянский язык монахом Евфимием из Чудова в честь чуда архангела Михаила в Хонех монастыря (черновой список перевода с правкой содержится в рукописи Государственного исторического музея).