До 1689 г. Иоанн Кариофилл сохранял публичное молчание в отношении евхаристии, а во время пребывания в Валахии (Иоанн Кариофилл находился в дружбе с князем Валахии Раду Вода, который назначил его в 1664 г. великим вестиархом) попытался отвести от себя упрёки в кальвинизме, когда по просьбе господаря Константина Кантакузина ответил на ряд апорий о предопределении Божьем (это сочинение Иоанна Кариофилла было опубликовано посмертно в 1697 г. с исправлениями его ученика Севаста Киминита). Начало новым волнениям было положено в 1689 г., когда из Иоаннин прибыл некий любознательный иеромонах, обратившийся к занимавшему высокий пост и имевшему авторитет Иоанну Кариофиллу для разрешения ряда церковных вопросов. Иоанн Кариофилл ответил на вопросы иеромонаха, а также составил список вопросоответов, в которых помимо прочего утверждалось, что «большим препятствием для спасения является то, что некоторые исповедают пресуществление». Вопросоответы были написаны в софистическом духе. Сочинение получило распространение и многими переписывалось. Узнав об этом, патриарх Досифей II Нотара написал из Адрианополя Иоанну Кариофиллу, чтобы он больше не распространял того, что «отклоняется от церковных догматов и во всём богохульно». В 1690 г. патриарх Досифей II Нотара прибыл в Константинополь на проходивший там Собор по вопросу юрисдикции Иерусалимского патриархата над Синаем, однако Собор был сорван Синайским архиепископом Ананией при помощи турецких властей, и Досифею II Нотаре пришлось бежать в Адрианополь. Напряжение в отношениях между патриархом Досифеем II и Иоанном Кариофиллом усиливало также то, что Иоанн Кариофилл поддержал в своё время Ананию и синаитов в их борьбе за автономию. Воспользовавшись моментом, Иоанн Кариофилл составил «тетради», в которых формально выступал лишь против слова «пресуществление» как якобы чуждого св. отцам латинского новшества. Однако из устных ответов Иоанна Кариофилла, которые приводит патриарх Досифей II Нотара, следует, что Иоанн Кариофилл выступал не только против термина «пресуществление», но и против самой сущности таинства евхаристии. Например, когда Иоанна Кариофилла спрашивали о том, чтo присутствует в таинстве евхаристии, он отвечал: «Самые те истинные Тело и Кровь Господа, и всё, чему учат православные о святейшем Таинстве, он исповедует, презирает лишь слово “пресуществление”». С другой стороны, на вопрос: «Чтo вкушает верный и праведный причастник?» – Иоанн Кариофилл отвечал, что «истинные Тело и Кровь»; а на вопрос: «Чтo вкушает грешник?» – отвечал: «Простой хлеб, то есть кусочек пищи, не причастный никакой святости».