Схваченный и заточённый в городе Фуллы, Иоанн бежал в Амастриду к святителю Георгию, где и умер через четыре года 26 июня, на сорок дней пережив хагана. Хотя исторический контекст описания исследователи считают здесь достоверным, их настораживает отсутствие упоминаний Иоанна в Житии Георгия Амастридского: вероятно, личность Иоанна оставалась весьма неоднозначной для империи и патриархата, и о нём предпочитали умалчивать. Иоанн скончался между 788 (учитывается длительность конфликта с хазарами и больше трёх лет пребывания в Амастриде) и 802–807 гг. (в этот период скончался Георгий Амастридский), а не в 792 г. Иоанн был погребён в основанном им монастыре св. Апостолов в Партените. Этот монастырь упоминается в надписи на надгробии игумена монастыря Никиты, умершего в 906 г. В надписи 1427 г. его храм назван именем апостолов Петра и Павла. Согласно Житию, «преподобный украсил монастырь со всей красотой и постройками, и священными сосудами, и различными книгами и населил множеством преподобных монахов». В Житии описываются прижизненные чудеса Иоанна: спасение оставшихся учеников Иоанна от казни; выкуп ученика Иоанна Лонгина, казнённого на кресте, у сарацин; вторичное спасение Иоанна из плена; наставление колеблющегося ученика Василия посредством разговора с мертвецами; исцеление ребёнка правителя Фулл; внезапная смерть обвинявшего Иоанна в гибели невинных людей; превращение вина в сыр у двух спорщиков. Посмертные чудеса Иоанна в Житии не упоминаются, за исключением удивительно быстро приплывшего из Амастриды в Партенит судна с останками святителя. Заметка об Иоанне в Синаксаре Константинопольской церкви конца X в. основана на тексте Жития. В греческом стишном Синаксаре 1301 г. и в Оксфордском списке Типикона Великой церкви 1329 г. память Иоанна помещена под 31 мая (а не под 26 июня, как обычно); причина этого исследователям неясна. Другие упоминания о деятельности и почитании Иоанна исследователи считают загадочными и спорными. Надпись 1427 г. из Партенита вслед за Житием называет его строителем храма в Партенитском монастыре, однако такая археологическая датировка остаётся предметом дискуссии. И.В. Соколова датирует VIII в. печать с надписью: «Иоанну, епископу Готии», однако, относится ли она к Иоанну, точно не известно. На фреске алтаря храма «Донаторов» (в верховьях балки Черкес-Кермен) прежде якобы около фигуры Иоанна читалась надпись, однако не сохранилось ни одной её фотографии. Гимнография Иоанна упоминается в Типиконе Великой церкви IX–XI вв. 26 июня без богослужебного последования. В Типиконах студийской традиции и в различных редакциях Иерусалимского устава, включая современные греческие и славянские богослужебные книги, память Иоанна не празднуется. Тем не менее, по рукописям исследователям известен канон Георгия, посвящённый Иоанну и Давиду Солунскому, без акростиха, плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа, ирмос (начало: «Явившему в мире»).