Однако православные в Готии не признали ни его, ни деяний Собора и выбрали своим пастырем Иоанна (который на тот момент был, скорее всего, мирянином). Позиция Готской епархии выразилась в избрании на её престол Иоанна., хотя истоки такого сопротивления иконоборчеству исследователям до конца не ясны: нет свидетельств развитого почитания образов в горном Крыму до VIII в. Характерно, что преподобномученик Стефан Новый как раз в это время рекомендует иконопочитателям в качестве убежища именно Готию. Встав в оппозицию к Константинополю, Готия лишилась шанса на признание своего иерарха, зато её политическая независимость от империи позволила ей не принять поставленного в столице альтернативного кандидата. После 754 г. (как полагают исследователи, во второй половине 750 гг.) Иоанн отправился в Иерусалим, где прожил три года, а затем вернулся обратно. По мнению исследователей, он надеялся получить там епископскую хиротонию от патриарха-иконопочитателя Феодора I (752/754 – после 767 гг.). Выбор Иерусалима мог быть обусловлен преданием, которое содержалось в Житии Херсонесских священномучеников, где шла речь о поставлении иерусалимскими миссионерами первых епископов родной для Иоанна Тавроскифии и соседнего с Готией Херсонеса. По мнению исследователей, Иерусалимский патриарх не захотел, нарушая каноническое право, рукополагать Иоанна (ставленника из другого диоцеза), чтобы не обострять отношений с Константинополем. В конце 750 – начале 760 гг. жители Готии отправили Иоанна к «Иверийскому католикосу», где, его, наконец, поставили в епископы. В грузинской версии Великого Синаксаря (Институт рукописей Корнелия Кекелидзе, XI в.), составленной Георгием Святогорцем, под 26 июня помещены краткие сведения об Иоанне, к этому времени уже почитавшемся в Грузии. Здесь указано, что, поскольку Византия в этот период была подвержена ереси иконоборчества, готы направили Иоанна в единственную страну, не тронутую ересью. Около 758 г. в Мцхете католикос Картли Иоанн III посвятил Иоанна во епископа. В «Повествовании об обращении грузин» Ефрема Мцире указано, что во время посещения Антиохии в 1057 г. Георгий Святогорец использовал этот факт в полемике с Антиохийским патриархом Феодосием III о законности автокефалии Грузинской православной церкви. В «Истории Иерусалимских патриархов», написанной патриархом Досифеем II Нотарой (1669–1707 гг.), со ссылкой на некоего Маврикия Синаксариста говорится о поставлении Иоанна в епископы «католикосом Нижней Иверии» (т.е. Абхазского княжества), что позволило современным исследователям поставить под сомнение вопрос о том, кто именно совершал церемонию: католикос Картли (Мцхетский) или один из епископов в Абхазском княжестве. После хиротонии Иоанн через своего диакона Лонгина запросил в Иерусалиме исповедание веры и получил оттуда синодик (по мнению исследователей, тот самый, что Иерусалимский патриарх Феодор I прочитал в Риме 12 августа 767 г. и на седьмом Вселенском соборе в Никее в 787 г.), который безоговорочно был им признан.