Характер искажений имён собственных не оставляет у исследователей сомнений в том, что на геэз хроника Иоанна была переведена с арабского. Однако дискуссионным для исследователей остаётся вопрос о языке оригинала. Г. Зотанбер предположил, что её основной текст был составлен на греческом, а главы, посвящённые Египту, – на коптском (по образцу Книги пророка Даниила, начало и конец которой написаны на древнееврейском, а середина – на арамейском). Однако исследователи не знают ни одного примера греческо-коптского произведения. Гипотезу Г. Зотанбера критиковали ещё в конце XIX – начале XX вв. Теодор Нёльдеке и У. Крам, по мнению которых Иоанн составил всю хронику на коптском. С позиций современной коптологии это для исследователей крайне сомнительно, поскольку признаки существования у коптов на тот момент собственной историографии отсутствуют. Исследователи считают более вероятным, что Иоанн написал хронику по-гречески (Г. Зотанбер вполне корректно охарактеризовал её как византийскую), а в главах, посвящённых Египту, употреблял для колорита отдельные коптские слова и выражения, которые обнаруживаются в тексте на геэзе. Хроника Иоанна состоит из 122 глав и охватывает временной интервал от Сотворения мира до конца VII в. н.э. В сохранившихся списках её начальная часть полна лакун, есть они и в заключительных главах. Основными источниками для Иоанна послужили ранневизантийское хронографы, в первую очередь, всемирная хроника Иоанна Малалы и анонимная «Пасхальная хроника», а при изложении церковной истории – «Церковная история» Сократа Схоластика. В главах, посвящённых Египту, использованы местные предания, в частности, роман о Камбизе; находка его фрагмента на папирусе была сначала неверно истолкована как открытие оригинала хроники Иоанна. Наибольшую ценность для историков представляют последние главы (начиная со 111-й), в которых дано подробное описание завоевания Египта арабами в 640–642 гг. (фрагменты, относящиеся к начальному его этапу, в имеющихся списках утрачены, а некоторые эпизоды, скорее всего, переставлены) и изложены отдельные события первых десятилетий мусульманского господства. В этом отношении хроника Иоанна – важный источник: в странах, захваченных в ходе арабских завоеваний во второй трети VII – начале VIII вв., в среде побеждённых подобные сочинения создавались крайне редко. В заключительной части хроники её автор опирался на свидетельства очевидцев, а возможно, и на собственные воспоминания. Исследователи считают хронику Иоанна весьма тенденциозной: начиная с середины V в. события византийской и египетской истории рассматриваются в ней с монофизитской точки зрения. В ней, в частности, приветствуется как антихалкидонитский акт издание «Энотикона» императором Зиноном и прославляется следующий император Анастасий I, который поддерживал монофизитов. Те императоры и церковные иерархи, которые были сторонниками Халкидонского собора, как правило, представлены людьми морально ущербными, упорствующими в своих заблуждениях и навлекающими на себя и на государство Божьи кары (последним наказанием стало мусульманское завоевание Египта). Антихалкидонитская направленность хроники явилась отражением коптской традиции так называемых плирофорий (пропагандистских историй).