По благословению Иоанна при Брестском епархиальном управлении образован и действует первый в Белоруссии паломнический отдел. Ведут активную работу отделы религиозного воспитания и катехизации; служения людям, входящим в группу социального риска; по взаимодействию с Вооружёнными Силами, пограничными войсками и МВД; по работе с заключёнными; социального служения и соответствующие подотделы во всех благочиниях. Возобновлено издание журнала «Брестские епархиальные ведомости», выпускается ежемесячная газета «Духовный вестник». Городскими приходами регулярно издаются тиражом до 300 экз. приходские газеты и листки. Создана иконописная студия, при Брестском в честь Рождества Пресвятой Богородицы женском монастыре работают швейная и золотошвейная мастерские. 2 октября 2005 г. в Бресте рядом со Свято-Симеоновским кафедральным собором установлен и освящён памятник Брестскому игумену преподобномученику Афанасию. В 2006 г. основан епархиальный Диаконический центр, создан Cовет сестричеств милосердия Брестской епархии. С 2002 г. появилось 36 сестричеств (было три), 22 молодёжных церковных братства, которые активно работают в больницах, детских приютах, учебных заведениях, помогают одиноким престарелым и инвалидам на дому. В общеобразовательных школах, детских садах и других учебных заведениях усилиями духовенства на основании подписанных соглашений между епархией и государственными структурами проходят занятия по «Основам православной культуры», созданы православные библиотеки в воскресных школах, часовнях при больницах, открыты отделы православной литературы в государственных библиотеках. На базе Брестского государственного университета ежегодно проходят международные научно-практические конференции, регулярно проводятся круглые столы по проблемам истории, нравственности и культуры. Иоанн награждён Патриаршими грамотами (1993 и 1998 гг.), орденом св. князя Даниила Московского третьей степени (1998 г.), медалью Даниила Московского (1999 г.), орденом св. равноапостольной Марии Магдалины третьей степени Польской православной церкви (2000 г.), орденом Креста преподобной Евфросинии, игуменьи Полоцкой, первой cтепени Белорусской православной церкви (2002 г.), орденом Кирилла Туровского первой степени (2007 г.).