Иоанн внёс вклад в развитие пастырского богословия, составив лекции по этой дисциплине и написав ряд статей (о схиархимандрите Моисее (Путилове), о протоиерее Иоанне Кронштадтском и др.). В лекциях обобщил и привёл в систему учение о пастырстве в Ветхом и Новом Заветах, в трудах отцов церкви (Римского епископа Климента I, Игнатия Богоносца, Смирнского епископа Поликарпа, Лионского епископа Иринея, Карфагенского епископа Киприана, Медиоланского епископа Амвросия, Ермы и др.), говорил об апостольской направленности пастырского богословия, о губительности подмены духовного пастырства душевным, большое значение придавал воспитательной стороне пастырского служения, доказывал несостоятельность протестантского учения о священстве. Иоанн уделял особое внимание деятельности оптинских преподобных старцев Льва (Наголкина), Моисея, Макария (Иванова) и Амвросия (Гренкова); раскрыл роль старчества как особой формы пастырства. Лекции Иоанна были переведены на грузинский (изданы в Тбилиси в 2007 г.) и болгарский языки (издано в Софии в 2008 г.). В лекциях по литургике он обратился к генезису богослужения. Иоанн не только составил жизнеописания некоторых святых синодального периода («Святитель Тихон Задонский и его учение о спасении», «Преподобный Амвросий Оптинский и его эпистолярное наследие» и др.), но и сделал обзор их богословского наследия. Приложением к работе о святителе Тихоне стала симфония по его творениям, книга энциклопедического характера, содержащая основные категории и понятия православной педагогики. Она была рекомендована Министерством образования РФ как учебное пособие для преподавателей духовно-нравственной культуры (переиздано на болгарском языке в 2007 г.). Особое значение имеют труды Иоанна, посвящённые Глинской пустыни. На основе большого корпуса источников и литературы и личного опыта насельника обители Иоанн составил «Глинский патерик» – жизнеописания 139 глинских монахов. Из них 95 написаны самим Иоанном, а созданные ранее 44 жизнеописания он переработал и дополнил. Стремился к достоверности фактов и духовной назидательности текстов. Жизнеописания снабжены списками творений монахов, ссылками на источники и литературу. В книге «Глинская пустынь: История обители и её духовно-просветительная деятельность в XVI–XX вв.» Иоанн подробно описал благотворительную, миссионерскую, патриотическую деятельность обители за весь период её существования. Большую ценность, по мнению исследователей, имеет приведённая в приложении опись архива Глинской пустыни, утраченного в 1918 г. Иоанн провёл огромную работу по восстановлению архива. Исследуя хранилища многих центральных и региональных архивов, библиотечные собрания и частные коллекции, он собрал (в том числе в копиях) больше 4 тыс. листов документов ХVII–XX вв., относящихся к истории монастыря. С 1974 г. больше сотни статей Иоанна были опубликованы в «Богословских трудах», «Журнале Московской Патриархии», «Московской правде», «Православном вiснике», «Stimme der Orthodoxie» (см. «Голос Православия»), «Церковном вестнике» (Варшава), «Tygodnik Podlaski» и др.