От существующей иконографии Иоанна в значительной степени отходит и подробная рекомендация, включенная в пособие для иконописцев 1910 г. Виктора Доримедонтовича Фартусова, который, как полагают исследователи, неверно посчитав, что «о подобии» Иоанна «не сказано в подлинниках», описывает святого как «святолепного старца русского типа, с умильным лицом и слезливыми глазами», «с бородой умеренной величины; в фелони и омофоре, на голове схима». Для хартии Иоанна предлагается несколько вариантов текста: поучения святителя и его молитва Богородице за город и обитель. В искусстве Нового времени Иоанн иногда представлен с дополнительными атрибутами – посохом или крестом. Памятники иконописи тоже свидетельствуют о том, что иконография Иоанна была разработана по образцу уже сложившейся иконографии святителя Леонтия. Это подтверждается сходством характерных черт и атрибутов этих святых – короткой раздвоенной русой бороды, белого клобука с украшенными ряснами и фелони-полиставрия, в которой часто изображается святитель Леонтий, что исследователи связывают с получением его преемниками титула архиепископа. Исследователи находят показательным, что в тропаре Иоанн сравнивается именно со святителем Леонтием (Феодор, традиционно занимающий второе после Иоанна место в сонме Суздальских святителей, в подлинниках обычно уподобляется Василию Великому). Исследователи полагают, что Иоанн, по одной из версий, был «первопрестольником» образованной на рубеже XIII и XIV вв. Суздальской епархии; суздальский историк XVIII в. ключарь Рождественского собора А. Фёдоров предполагал, что первенство Иоанна связано с более ранним обретением его мощей или с относительным обилием сведений о его жизни. Исследователи полагают, что обращение к иконографии Ростовских чудотворцев объяснялось отсутствием достаточных сведений о жизни и внешности Суздальских епископов и давними контактами Суздаля с соседним Ростовом – центром древней Ростово-Суздальской епархии, из которой выделилась Владимиро-Суздальская епископия (ср. также предание о том, что Феодор был первым Ростово-Суздальским епископом и переселился в Суздаль из Ростова). Территориальная близость церковных центров Северо-Восточной Руси и их исторические связи могли сформировать представления о едином происхождении Ростовской, Суздальской и Московской кафедр, что выразилось в появлении общего иконографического атрибута и признака особого статуса местных святителей – белого клобука. Поскольку русские архиереи, жившие или прославленные во второй половине XV – XVI вв., за исключением Новгородских, обычно изображаются не в клобуках, а в архиерейских шапках (святители Иона Московский, Иаков Ростовский и др.) или без головных уборов (Стефан Пермский), белые клобуки Суздальских святителей исследователи рассматривают как признак сравнительно раннего происхождения их иконографии; однако этот атрибут исследователи склонным считать, скорее, результатом подражания авторитетной ростовской традиции. Изображения Суздальских святителей в белых клобуках привлекли внимание ещё в середине XVIII в.: рассуждения об этом головном уборе вошли в сочинение А. Фёдорова «Историческое собрание о богоспасаемом граде Суждале», где в связи с появлением сомнений в правомерности почитания святителей Феодора и Иоанна собраны сведения об их старинных иконах и освящённых в их честь престолах.