Чтобы пресечь соблазн, Суздальский и Юрьевский епископ Порфирий 18 ноября 1751 г. отправил в Синод прошение об освидетельствовании мощей святителей. В письме архиерея сообщалось, что в дни памяти этих святителей в Рождественском соборе «отъправляются всенощные и молебны по общей минее службы святительской» (несмотря на то что существовали отдельные службы Иоанну и Феодору). 27 августа 1755 г. Синод издал указ, которым предписывалось: «Понеже оные святые Феодор и Иоанн были архиереи православные, в Суждальствей стране пастырие благочестивии, и по скончании своея жизни пребыли и ныне пребывают нетленны, и чрез такое многое прошедшее время бывыми последи их преемниками... и народом были почитаеми и почитаются за святых, и тако не имея никакого о них сумнительства, вновь ныне свидетельствовать несть потребы, а оставить в таковом же, как до ныне были состоянии и почитании». В 1756 г. была перестроена и вновь освящена придельная церковь во имя святителей Иоанна и Феодора. В связи с делом о мощах Иоанна были зафиксированы случаи исцеления по молитвам к святителю. 27 октября 1743 г. жителю Суздаля И.В. Жинкину, который не владел правой рукой и левой ногой и был нем, во время молитвы явился Иоанн, облечённый в светлую одежду, и, стоя у постели болящего, молился ко Господу. Святитель послал И.В. Жинкина к своим мощам в собор для исцеления, что и произошло. В октябре 1755 г. князь В.И. Гундоров, будучи в Суздале, «с коня разбился» и был привезён в дом священника Рождественского собора Иоанна Фёдорова. Наутро князь пожелал молиться в Рождественском соборе, но передвигаться не мог. Тогда он начал призывать с верой святителей Иоанна и Феодора и тотчас почувствовал облегчение; князь сумел дойти до храма, где во время утрени получил исцеление. Московский митрополит Платон (Левшин), в 1792 г. посетивший Суздаль, писал в путевых записках о почитаемом святителе, что «Иоанн был первый епископ в Суздале». 3 марта 1795 г. мощи Иоанна были переложены в Рождественском соборе в новую раку, украшенную серебром и червонным золотом, которую устроил Владимиро-Суздальский епископ Виктор (Онисимов). Начиная со времени епископа Виктора, как отметил Евгений Евсигнеевич Голубинский, Иоанн поминался после Феодора (якобы поставленного епископом в Суздаль в конце X в., что, по мнению исследователей, недостоверно и имело целью искусственно удревнить историю Суздальской кафедры). 20 августа 1879 г. по благословению владимиро-Суздальского епископа Феогноста (Лебедева) мощи Феодора и Иоанна были переложены в новые серебряные раки, устроенные «усердием суздальских граждан», раки были изготовлены художником Жилиным. Рака с мощами Иоанна оставалась на своём месте и в советские годы, несмотря на закрытие Рождественского собора в 1920 гг. В 1992 г. Владимиро-Суздальский музей-заповедник передал мощи Иоанна Русской церкви. По благословению Владимирского и Суздальского архиепископа Евлогия (Смирнова) 3 ноября 1998 г. мощи святителей Иоанна и Феодора были перенесены в церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери на Торговой площади Суздаля.