22 ноября назначен настоятелем храма во имя св. Иова на Волковом кладбище Ленинграда. В 1959 г. возведён в сан игумена, 20 ноября 1962 г. – в сан архимандрита. 22 ноября 1962 г. хиротонисан во епископа Кировского и Слободского. Хиротонию в Троицком соборе Александро-Невской лавры возглавил Ленинградский и Ладожский митрополит Пимен (Извеков; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси). 18 декабря того же года Иоанн прибыл в город Киров. Сразу стал совершать архипастырские поездки по епархии, служил и проповедовал. 11 мая 1963 г. награждён орденом РПЦ св. Владимира второй степени. Архиерейское служение Иоанн пришлось на период правления Никиты Сергеевича Хрущёва, когда усилились гонения на церковь. В Кировской области из-за позиции местных властей они приобрели даже большие масштабы, чем в целом по стране. Действия властей (закрытие храмов, удаление неугодных им священнослужителей, ограничение возможности проводить богослужения и исполнять требы, борьба с паломничеством к почитаемым святыням) вызывали недовольство верующих. Их негативное отношение к происходящему в значительной степени переносилось на Иоанна, вынужденного иметь контакты с уполномоченным Совета по делам РПЦ (с декабря 1965 г. – Совет по делам религий) в Кировской области и официально одобрять проводимые властями мероприятия. По мнению уполномоченного Совета, Иоанн «к Церкви относится ревностно. Прибыл в епархию с настроением исправить дела... За нарушение церковных канонов не останавливается перед лишением духовенства церковного сана... По натуре подвижен, в делах активен... Вносит предложения и кандидатуры на посвящение в сан священников из молодых диаконов и других лиц... Побывал уже в ряде приходов, не только ближних, но и дальних. Активный проповедник, проповеди читает каждую службу, причем читает как артист. Бьёт по чувствам... Своей проповедью довёл верующих до слёз». В то же время уполномоченный отмечал, что Иоанн «с духовенством и мирянами неуживчив, ко всем относится с подозрением. Как епископ авторитетом среди духовенства и верующих не пользуется». В 1963 г. было закрыто десять церквей – меньше, чем в предыдущие годы, в 1964 г. – только два храма. Иоанн особо следил за укомплектованностью штата духовенства в епархии, чтобы власти не имели возможности закрывать недействующие храмы. Требовал от священнослужителей избегать конфликтов с представителями государственных структур (например, в связи с крещением детей школьного возраста), чтобы не дать поводов к снятию священников с регистрации.