Поощрение успевающих в этих науках подкреплялось специальным указом Иустина: «Успехи учеников в арифметике, геометрии, тригонометрии, механике и экспериментальной физике сделали великую честь Пермской семинарии, и нам, и родителям их полное удовольствие, радость и веселие... Объявить им, что даётся им от нас право поступать на лучшие места и перепрашиваться из худших в лучшие приходы, ежели только предоставят, что кроме прочих знаний в философии и богословии и кроме сочинений проповедей, содержат твёрдо в памяти математику». При семинарии Иустин организовал физический кабинет. Большое внимание уделял также преподаванию рус. языка и риторики. Будучи талантливым проповедником, он стремился развивать эти навыки и у пермских семинаристов. На протяжении всей жизни Иустин пополнял семинарскую библиотеку, завещал ей личное книжное собрание (до 377 книг). К 1870 гг. в семинарской библиотеке насчитывалось 180 названий книг, пожертвованных Иустином (в основном, богословские, философские и исторические труды на латинском, а также на русском, греческом, французском и итальянском языках). В библиотеке семинарии хранилась также рукописная «Словенская грамматика, сочинённая находившимся при Российском министерстве в Венеции иеромонахом Иустином, бывшим потом епископом Пермским и Екатеринбургским». В 1806 г. в Москве был издан задачник «Собрание шестисот пятидесяти одного избраннейшего примера в пользу юношества, учащегося арифметике, под смотрением преосвященнейшего Иустина, епископа Пермского и Екатеринбургского, взятых несколько из книг, но по большей части новоизобретённых посильными трудами Алексея Вишневского, учителя математики, в новоучреждённой Пермской семинарии» (автор учебника являлся племянником епископа). В связи с нехваткой мест в духовных училищах Иустин разрешил клирикам отдавать сыновей в ближайшие к приходам горные школы. По инициативе игумена Никандра, поддержанной Иустином, было восстановлено закрытое в 1800 г. духовное училище при далматовском в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре. 12 марта 1816 г. Далматовское училище получило официальный статус и было разделено на приходское и уездное духовные училища. 5 февраля 1818 г. в Перми было организовано отделение Российского Библейского общества, в начале 1820 гг. предпринята попытка открыть при пермских духовных училищах класс татарского языка, но преподавателя найти не удалось. При Иустине в епархии были открыты первые единоверческие приходы в Екатеринбурге и на Бымовском заводе Осинского уезда. В 1822 г. в Пермской епархии проводилась ревизия епископом Вятским и Слободским Амвросием (Рождественским). Поводом к ревизии послужил конфликт между Иустином и секретарём Пермской духовной консистории. В ходе проверки выяснилось, что в храмах епархии неправильно велись «ведомости о свечных доходах». По результатам ревизии секретарь консистории Григорий Мышкин был уволен, а архиерей 31 мая 1823 г. отправлен на покой с пенсией в 1 тыс. руб. До самой смерти Иустин проживал в скромном флигеле, который находился в саду Пермского архиерейского дома. 2 октября 1824 г. заштатный епископ удостоился посещения императора Александра I. Иустин был погребён в пермском кафедральном соборе, под алтарём.