В 1330 г. для главы Иуста был изготовлен серебряный реликварий в виде поясной фигуры епископа в митре и с посохом. Весной 1562 г. Лион был захвачен войском гугенотов во главе с Франсуа де Бомоном, бароном дез Адре. Городские церкви подверглись осквернению, их убранство было расхищено или уничтожено. Вскоре после захвата города гугеноты уничтожили укрепления бурга св. Иуста, осенью 1562 г. они взорвали храм. Летом 1563 г. власть короля в Лионе была восстановлена, каноники церкви св. Иуста вернулись в город. Ввиду отсутствия средств на восстановление разрушенного храма и зданий капитула было принято решение построить временную церковь во имя Иуста внутри городских стен. Храм (без фасадной и алтарной частей) освящён в 1591 г., в 1662–1663 гг. воздвигнут хор, в 1704 г. строительство было завершено. В 1745 г. капитул храма состоял из 25 каноников. Большинство мощей святых, хранившихся в разрушенной церкви, были утрачены, но часть святынь каноникам удалось спасти. В храме находились реликварий с черепом и позвонком Иуста, часть мощей мученика Епиподия и рука мученика Александра, а также частицы мощей святых Евхерия, Иринея и др. С 1618 г. частица мощей Иуста хранилась в коллегиальной церкви св. Иоанна в городе Сен-Шамон, раньше святыня принадлежала семейству де Турнон, из которого якобы происходил Иуст. Во время Французской революции капитул храма св. Иуста был упразднён (1790 г.), церковь передана приходу. После начала террора (1793 г.) храм был осквернён, хранившиеся в нём святыни уничтожены. Согласно Д. Мейнису, глава Иуста была выброшена на кладбище, но звонарь спрятал святыню и впоследствии вернул её в храм. Под руководством кардинала Жозефа Феша (архиепископ Лионский в 1802–1839 гг.) в Лионе началось возрождение церковной жизни. В 1831 г. церковь св. Иуста после реставрации была освящена, в алтарь храма помещены частицы мощей святых Иуста и Иринея. Кардинал Жозеф Феш собирал сведения о частицах мощей лионских святых, хранившихся за пределами архиепископства, с целью собрать их в Лионе, вместо реликвий, утраченных во время религиозных войн и Французской революции. Д. Мейнис привёл сведения о том, что в 1644 г. часть мощей Иуста была передана капитулу города Фермо (Италия). В 1804 г. по просьбе кардинала Жозефа Феша кардинал Чезаре Бранкадоро, архиепископ Фермо, вернул в Лион кость руки Иуста. Святыня была помещена в ризнице кафедрального собора, от неё отделили частицы для приходских храмов Лионского архиепископства, освящённых во имя Иуста.