Первоначально капитул возглавлял аббат (обычно избирался из членов кафедрального капитула), с 1290 г. – Лионский архиепископ, руководство повседневной деятельностью осуществлял обедиенциарий. Вокруг храма сложилось поселение (бург), окружённое крепостной стеной с 22 башнями, его жители находились под светской и духовной юрисдикцией капитула. Благодаря мощным укреплениям бург св. Иуста в 1244–1251 гг. служил резиденцией Римского папы Иннокентия IV, в 1305 г. здесь состоялась коронация папы Климента V. Во время посещений Лиона в бурге неоднократно останавливались короли Франции и другие знатные особы, в 1312 г. укрепление было передано под королевский контроль. Во время восстания жителей Лиона против духовных сеньоров (1268–1269 гг.) бург, где нашли убежище каноники кафедрального капитула, подвергся осаде. В XII–XIII вв. была построена новая церковь св. Иуста, о которой исследователям известно по описаниям, по данным археологических раскопок и по изображению на плане Лиона 1550 г. Храм был построен в романском стиле, имел три нефа (длина около 65 м) и трансепт, западный фасад с пятью порталами фланкировали две невысокие башни. На главном портале находились скульптурные изображения Христа, св. Иоанна Крестителя и Иоанна евангелиста, мучеников Епидопия и Александра и Лионских епископов Иринея и Иуста. Первоначально хор церкви окружал деамбулаторий с тремя капеллами, но впоследствии проект был изменён (по мнению исследователей, из-за недостатка средств), размеры храма уменьшены, вместо деамбулатория сооружена узкая, выступавшая внутрь трансепта апсида. Завершению строительства способствовало пребывание в бурге св. Иуста папы Римского Иннокентия IV, который принял капитул под покровительство, предоставил ряд привилегий и неоднократно призывал верующих из разных стран жертвовать на сооружение храма. В булле, изданной ранее 1251 г., упоминается об освящении храма понтификом в понедельник Страстной седмицы, однако в то время строительство не было окончено. Привилегии в пользу капитула, целью которых было в том числе завершение храма, издавали Римские папы Александр IV и Григорий X, строительные работы были окончены после 1273 г. В 1288 г. в храме были открыты гробницы святых Иуста, Виатора, епископов Альпина, Антиоха, Аригия, Пациента, Ремигия I, Стефана и Элпидия. На многих гробницах находились мраморные доски с эпитафиями. Кроме того, в церкви почитались мощи Вифлеемских младенцев, семи братьев Маккавеев и других святых. В церкви насчитывалось 24 алтаря, в том числе особая капелла во имя Иуста. 2 сентября 1292 г. Вьеннский архиепископ Гийом де Ливрон возглавил церемонию перенесения мощей Иуста в алебастровую гробницу, установленную на мраморных колоннах за главным алтарем храма.