В криптах были обнаружены монеты бургундского короля Гундобада (ум. в 516 г.), поэтому Ж.Ф. Рейно считал, что основная часть строительных работ была завершена ко времени устройства крипт (начало VI в.). Однако, по мнению исследователей, возможны и другие датировки сооружения храма. Так, строительство могло начаться во второй половине V в. и продолжаться до VII в. По мнению исследователей, со строительством второй базилики связано установление празднеств в память освящения храма (2 сентября) и перенесения мощей Иуста (14 октября), указанные в некоторых рукописях «Мартиролога» Иеронима Стридонского. В V в. базилика Иуста служила усыпальницей Лугдунских епископов, здесь были похоронены епископы Альпин, Антиох, Элпидий, Пациент и Стефан, в VII в. – епископ Аригий. Григорий Турский упоминал о пресвитере, который непочтительно отозвался о почившем Лугдунском епископе Ницетии (ум. в 573 г.) и которому Ницетий явился в сопровождении святых Иуста и Евхерия. В одной из версий перечня Лугдунских епископов упоминается о том, что епископ Аригий (первая четверть VII в.) построил монастырь во имя Иуста, который, по мнению исследователей, находился при базилике. Значительно больше сведений о почитании Иуста и о посвящённом ему храме относится к IX в. Это исследователи связывают с укреплением позиций Лионской кафедры при епископе Лейдраде (798–816 гг.) и архиепископе Агобарде (816–840 гг.) и с началом Каролингского возрождения. Усилиями епископа Лейдрада в Лионе были восстановлены церкви и монастыри, реформировано богослужение, основаны школы пения и чтения, возрождён скрипторий. При кафедральном соборе и крупнейших храмах были учреждены капитулы. Самое раннее упоминание о капитуле церкви св. Иуста содержится в поминальной книге аббатства Райхенау (около 830 г.), согласно которой при храме жили 25 каноников под руководством хорепископа Агерика. В 868 г. по указанию архиепископа Ремигия I храм был восстановлен хорепископом Авдуином, в состав капитула вошли 20 каноников, из них шестеро были приписаны к церкви св. Иринея, подчинённой в это время храму св. Иуста. Согласно данным, приведённым Адоном Вьеннским, церковь св. Иуста раньше была посвящена св. братьям Маккавеям, в ней находились гробницы Иуста, Виатора и многих Лионских епископов. После того как члены капитула св. Иуста отказались принять устав регулярных каноников вопреки указаниям архиепископа Гуго из Ди (1082–1106 гг.), сторонника григорианской реформы, церковь св. Иринея была изъята из ведения капитула. В 1170 г. Римский папа Александр III принял капитул св. Иуста под своё покровительство. К началу XIV в. в состав капитула входили 19 каноников, которым присваивалось баронское достоинство.