По свидетельству схиархимандрита Андроника (Лукаша), Иоанникий оказал влияние на многих подвижников, в числе которых – настоятель Глинской пустыни архимандрит Нектарий (Нуждин), схиигумен Антоний (Ветер), Серафим (Амелин), иеросхимонах Никодим (Калиуш) и др. Насельники пустыни часто становились настоятелями других монастырей. Только за первые пять лет управления Иоанникием обителью численность братии возросла вдвое, к концу его настоятельства – почти втрое (в 1909 г. в обители было 598 человек), хотя Иоанникий не принимал в обитель всех желающих. Будущих насельников он обычно предупреждал: «Живём мы бедно, и послушания у нас тяжёлые». Опытные в духовной жизни подвижники также стремились жить в руководимой Иоанникием обители: в Глинскую пустынь хотел уйти на покой ученик Амвросия Оптинского настоятель Псково-печерского монастыря архимандрит Мефодий. Заботясь о духовной жизни братии, Иоанникий призывал учеников непрестанно работать в своей «мысленной мастерской», отсекать греховные помыслы. Сдержанность в разговоре и бдительное отношение к собственной речи считал необходимыми условиями для успешной борьбы с помыслами, т.к. «высказанные неуместные слова ослабляют собранность ума и расточают духовное сокровище, которое собирается постепенно духовным деланием». Феофан Затворник, с которым Иоанникий вёл переписку, называл его «старцем многоопытной мудрости» и всегда просил его молитв. Пройдя строгую школу отречения собственной воли и частого откровения помыслов, Иоанникий старался поддерживать этот обычай и среди братии. С 1888 г. был введён следующий порядок: при поступлении в обитель каждому иноку назначался старец (по своему желанию избрать старца было нельзя), которому ежедневно следовало открывать свои мысли и поступки и находиться у него в полном послушании. Имел награды: наперсный крест (1892 г.), серебряную медаль в память императора Александра III для ношения на груди на александровской ленте (1896 г.), орден св. Анны третьей (1900 г.) и второй (1906 г.) степени. В 1906 г. принял схиму с именем Иоанникий, ночи проводил в бодрствовании, богослужения совершал с чрезвычайным благоговением, со слезами на глазах. В 1911 г. по ложному доносу (Российский государственный исторический архив) Иоанникий был оклеветан генерал-лейтенантом Павлом Николаевичем Митропольским, арендовавшим у пустыни дом. Определением Синода от 12 марта 1912 г. уволен от настоятельства и удалён из обители. По преданию, когда преподобный уходил из Глинской пустыни, был сильный разлив рек; старец вышел из обители, перекрестил воду и пошёл по ней. По некоторым сведениям, перед кончиной Иоанникий проживал в Рыльском уезде Курской губернии в затворе, в помещении, предоставленном ему некой благочестивой семьёй. Решением Синода УПЦ МП от 8 мая 2008 г. причислен к лику святых, 16 августа состоялись торжества прославления старца.