Над местом погребения Иоанникия Девичского была устроена часовня из тёсаного камня. Гробница, обозначавшая в часовне место захоронения святого, несколько раз осквернялась из-за многочисленных нападений на монастырь Девич. Во время Первой мировой войны в поисках сокровищ её разбил венгерский офицер. Весной 1941 г. албанские нацисты почти стёрли часовню с лица земли (могилу завалило камнями, поэтому она уцелела), а также уничтожили источник и пещеру Иоанникия Девичского на холме близ монастыря. В июне 1999 г. Девич был вновь разграблен и подожжён албанцами, которые разбили мраморную плиту гробницы святого. В середине марта 2004 г. 2 тыс. албанцев развели в гробнице костёр и сожгли обитель. Однако мощи святого сохранились, т.к. они всё время находились под спудом. Почитание Иоанникия Девичского распространилось в Сербии (он считается покровителем Косова и Метохии), Болгарии и России. По мнению исследователей, во второй половине XVIII в., в эпоху национального возрождения, имя Иоанникия Девичского было включено в список святых из болгарского народа, помещённый в «Истории славяноболгарской» Паисия Хиландарского (1762 г.), в зографскую «Историю вкратце о болгарословенском народе» (1785 г.). Но список имеет и самостоятельную рукописную традицию. Так, он представлен в сборнике конца 1810 гг. хиландарского происхождения. Фрагменты службы Иоанникия Девичского с кратким Житием преподобного находятся в рукописном сборнике русского извода 1757 г. В монастыре Девич сохранилось несколько настенных изображений Иоанникия Девичского (в 2004 г. они пострадали при пожаре и пока не расчищены): в северном парекклисионе он представлен как преподобный со свитком, на котором надпись: «Первый ктитор места сего» (вторая половина XV в.); в часовне над погребением – изображение святого и композиция «Успение преподобного Иоанникия» (святой лежит на одре, архиерей, диакон и группа монахов совершают отпевание; 1578 г.). Также исследователям известны изображения Иоанникия Девичского в притворе монастыря Печская патриархия (1565 г.) и в церкви святителя Николая Чудотворца в селе Млечане на северо-западе Косова и Метохии (1601–1602 гг.). Единственный известный исследователям храм во имя Иоанникия Девичского находится в монастыре Девич.