Текст соборного уложения рассылался как чёрному, так и белому духовенству; в грамотах оговаривалось, что ослушников, отвергающих «единогласие», необходимо «смирять в монастырях монастырским смирением» (Акты археологической экспедиции). Введение «единогласия» встречало сопротивление как духовенства, так и прихожан. В московской тиунской избе по этому поводу произошёл конфликт, который повлёк судебное разбирательство. Необходимость «единогласного» богослужения была ещё раз подтверждена Большим Московским Собором 1666–1667 гг.  Помимо регламентации богослужения власти уделяли внимание исправлению духовенства и повышению его образовательного уровня. Среди предложений, подготовленных царём к Собору 1651 г., значилось: «А которых в священный чин и во дьяконски поставляти, и выбирати избранных людей учителных, чтоб знали круг церковный и устав. А которые не учены, и тех во училище подобает учити, чтоб по правилом святых отец все знали, как душы християнския просвещати». Это предложение не было воплощено в жизнь, но, как полагают исследователи, именно с ним связан указ Иосифа о том, чтобы кандидаты в священный сан в Патриаршей области получали хиротонию только в Москве, а не от архиереев близлежащих епархий, как это было прежде. Эта мера, по мнению патриарха, позволила бы установить контроль за уровнем подготовки провинциальных клириков. Однако здесь открывался простор для злоупотреблений. Через шесть лет после смерти Иосифа представители московского духовенства били челом царю о трудностях, бюрократической волоките и поборах, от которых страдали приезжавшие в столицу издалека ставленники. Челобитчики обвинили Иосифа в том, что он издал указ, «желая собрать себе имение» и «хотя обогатить дьяка своего Ивана Кокошилова да подьячих». В годы патриаршества Иосифа страну постигло несколько бедствий. 21 августа 1643 г. в Москве и в соседних городах случилась засуха, погубившая урожай и вызвавшая падёж скота. Иосиф отправил во все епархии окружную грамоту с указом совершать крестные ходы и служить молебны об избавлении от бедствия (Акты археологической экспедиции). В связи с бедствием было издано «Патриаршее поучение» (М., 1643 г.). Летом 1648 г., во время народных волнений, Иосиф отправил в епархии богомольные грамоты о двухнедельном посте и о служении молебнов для прекращения «межуусобной брани» (Акты археологической экспедиции). В 1650 г. в связи с Псковским восстанием для переговоров с псковичами была отправлена делегация во главе с Коломенским епископом Рафаилом; её участники передали восставшим увещевательные грамоты от царя и патриарха. После подавления восстания служилые люди, убитые псковичами, по патриаршему повелению были записаны в синодики для вечного поминовения, «чтоб та их кровная служба в забвенье николи не была» (Акты археологической экспедиции). В ноябре 1650 г. Алексей Михайлович по совету Иосифа отправил окружную грамоту о молебствии и посте «в Москве и во всех городех всем православным християном» по случаю неурожая, наводнений, пожаров и падежа скота (Акты археологической экспедиции). На патриаршество Иосифа приходится активизация контактов с Западнорусской митрополией, прерванных в 1630 гг. Киевским митрополитом Петром (Могилой).