На Соборе 11 февраля 1649 г. (который проходил одновременно с Земским собором 1648/1649 гг.) основным пунктом обсуждения стал вопрос о соотношении монастырского и приходского богослужения. В деянии Собора записано: «На Москве учинилась великая молва и всяких чинов православные люди от церквей Божиих учали отлучатися за долгим и безвременным пением». Эти слова были направлены против сторонников «единогласия», во главе которых стоял царский духовник Стефан Вонифатьев. Иосиф подписал соборное постановление о необходимости «единогласного» пения, утверждённого Собором в 1551 г. (см. Стоглав). Однако предстоятель признал «единогласие» обязательным лишь для монастырского богослужения. Во исполнение соборных постановлений началась рассылка грамот по монастырям. В 1649 г. Вологодскому и Великопермскому архиепископу Маркеллу по указу царя Алексея Михайловича была отправлена грамота Иосифа, посвящённая различным вопросам исправления монастырской жизни. В ней среди прочего содержалось требование, чтобы насельники монастырей «исправляли всякое церковное благолепие и пение по преданию святых апостол и святых отец и монастырской чин хранили с великим укреплением по древнему отеческому преданию, и в церквах Божиих велеть говорить в один голос, как в монастырех чин обдержит, по уставу» (Акты археологической экспедиции). В приходских храмах Собор 1649 г. постановил «служити по прежнему»: «Говорити голоса в два, а по нужде в три», кроме чтения шестопсалмия. Протопоп Стефан Вонифатьев отказался подписать решения Собора 1649 г., настаивая на соблюдении единых норм как в монастырском, так и в приходском богослужении. Вслед за царским духовником не поставили подписи под постановлением новоспасский архимандрит Никон (впоследствии патриарх Московский и всея Руси), протопоп Иоанн Неронов, многие настоятели московских и подмосковных монастырей. Царский духовник оскорбил Иосифа, назвав его «волком, а не пастырем». Иосиф подал царю Алексею Михайловичу челобитную с просьбой наказать Вонифатьева, поскольку по только что принятому Уложению 1649 г. (статья о богохульстве) «кто изречет на соборную апостольскую Церковь какие хулные словеса», заслуживает смертной казни. Однако челобитная была оставлена без ответа, царь не утвердил решения Собора. Став в 1649 г. Новгородским митрополитом, Никон начал вводить «единогласие» в приходских храмах своей епархии. Не посчитавшись с постановлением Собора 1649 г., Алексей Михайлович обратился за разрешением вопроса в Константинополь. В декабре 1650 г. был получен ответ патриарха Парфения II, который высказался в пользу «единогласия». «Единогласие» было утверждено на фактически руководимом царём церковном Соборе 9 февраля 1651 г. Алексей Михайлович подготовил к Собору и другие предложения, касающиеся упорядочения богослужения и исправления духовенства. Постановления Собора были обнародованы в предисловии к Служебнику 1651 г., где отмечалось, что «во всех же церквах в Московском государстве и по всем городем единогласно на вечериях, и на повечериях, и на полуношницах, и на заутренях псалмы и Псалтырь говорить в один голос, тихо и неспешно, среди церкви на восток лицем, со всяким вниманием».