Инициативников возглавили Г.К. Крючков и Георгий Петрович Винс. В условиях строгой конспирации развивалась издательская деятельность. С 1960 г. оргкомитет выпускал «Братский листок», в 1963 г. был опубликован №1 журнала «Вестник спасения» (с 1976 г. – «Вестник истины») под редакцией Г.К. Крючкова. В 1964 г. Совет родственников узников ЕХБ, организованный в 1963 г., стал выпускать «Чрезвычайные сообщения», содержащие информацию об арестах инициативников, с 1971 г. издание стало регулярно выходить как «Бюллетень Совета родственников узников ЕХБ». В том же году возникло изд-во «Христианин», типография которого часто переезжала, место её расположения скрывалось. СЦ ЕХБ пытался публично защищать свои права и включился в правозащитную деятельность как в СССР, так и на международном уровне. В мае 1966 г. инициативники устроили демонстрацию перед зданием ЦК КПСС, все её участники были арестованы. Через несколько месяцев были арестованы Г.К. Крючков и Г.П. Винс. После выхода из колонии (1969 г.) Г.К. Крючков почти 20 лет жил на нелегальном положении. В 1968 г. появилось первое упоминание об инициативниках в информационном бюллетене правозащитников «Хроника текущих событий» (ХТС). С 1974 г. информация об инициативниках в ХТС стала постоянной. В том же году Инициативная группа защиты прав человека в СССР и академик Андрей Дмитриевич Сахаров обратились к международной общественности в связи с повторным арестом Г.П. Винса. В 1976 г. СЦ ЕХБ направил жалобу Московской Хельсинкской группе на действия властей, которые отбирают детей у верующих родителей. В ответ Хельсинкская группа издала документ «О преследовании религиозных семей». Баптистские общины в США собирали средства для семей арестованных в СССР членов СЦ ЕХБ. В 1977 г. сын Г.П. Винса Пётр стал членом Украинской Хельсинкской группы. Г.П. Винс, высланный в США в 1979 г., встречался с Президентом США Джимми Картером и организовал заграничное представительство СЦ ЕХБ в штате Индиана. СЦ ЕХБ действовал нелегально до 1989 г. С начала 1990 г. СЦ ЕХБ имел общины в России, странах Балтии и других бывших республиках СССР, а также в США и Канаде. В 2001 г. съезд СЦ ЕХБ принял решение считать свой союз международным и соответственно изменить его название. МСЦ ЕХБ занимается активной миссионерской работой, но его общины по-прежнему не регистрируются, опасаясь «обмирщения», и остаются крайне консервативными. Как правило, они не общаются с представителями других конфессий и с иностранными единоверцами, максимально ограничивают контакты с государственными органами как с безбожными. Это порождает разного рода конфликты. За годы жизни в подполье у инициативников сложилось учение о том, что только «гонимая» церковь может быть истинной. В среде инициативников преобладает негативное отношение к православным, которых они считают идолопоклонниками. Инициативники нетерпимы к светской культуре, расценивают её как греховную, осуждают развлечения и увеселения. Как правило, никто из них не ходит в театр, в домах нет телевизоров. МСЦ ЕХБ состоит из 15 объединений: Северного, Московско-Приволжского, Курско-Рязанского, Ростово-Донецкого, Уральского, Сибирского, Среднеазиатского, Кавказского, Молдавского, Белорусского, Киевского, Харьковского, Одесского, Западно-украинского, Американского. Наибольшее число членов было отмечено в 1966 г. – 155 тыс. человек, в 1972 г. их насчитывалось около 18 тыс. По данным на 1 января 2008 г., МСЦ ЕХБ состоял из 2964 церквей и групп, общее количество членов – около 68 тыс.