Во время строительства новых храмов в обители часовню «ради тесноты места» сломали, «а решётку от гроба под трапезу бросиша» (по мнению Евгения Евстигнеевича Голубинского, часовня в XVII в. трижды разорялась не из-за нерадивости монахов, но «по распоряжению епархиального начальства»). Через некоторое время часовню восстановили, «но не яко дом молитвенный, а яко непотребную хлевину». Богомольцы, приходившие в монастырь на праздники, имели обыкновение ночевать в часовне. Однажды паломница из Вологды, по неведению расположившаяся на месте погребения Иосифа Заоникиевского, стала ночью кричать, что монах бьёт её жезлом, «яко на ноги его легох». В 1669 г. в обители были освящены новопостроенные холодный деревянный трёхпрестольный храм во имя Святой Троицы, Алексия, человека Божия, и в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы, а также тёплая церковь во имя великомученицы Параскевы Пятницы. В 1716 г., вскоре после хиротонии в январе этого года на Вологодскую кафедру Павла, строителем Заоникиевой пустыни был поставлен иеромонах Анастасий, который возобновил часовню Иосифа Заоникиевского и повелел эконому Сергию записывать чудеса, происходившие у гроба преподобного или совершавшиеся по молитвам к нему (Российская государственная библиотека). 2 июня 1717 г. обитель посетил епископ Павел, у гроба преподобного он молился о даровании дождя, поскольку в то лето стояла сильнейшая засуха. После молебна при сияющем солнце пролился обильный дождь. По благословению епископа Павла была совершена канонизация Иосифа Заоникиевского к местному почитанию. Епископ повелел вологодскому иконописцу священнику Максиму Яковлеву написать «образ на плащанице преподобнаго Иосифа», а ярославскому иконописцу Тимофею сделать копию с Заоникиевской иконы Божьей Матери с чудесами на полях «во уверение впред будущему христианскому роду и в похвалу Божия Матери и Ея служителю новому чудотворцу Иосифу» (Российская государственная библиотека). Образ преподобного был положен на его гробницу. 28 июля 1717 г., после откровения свыше одному из монахов, в старой кладовой нашли власяницу святого, которую впоследствии хранили у раки и возлагали на больных (Иосифа Заоникиевского почитали как «новаго врача»; власяница была утрачена в начале XIX в.). Первое время у могилы новопрославленного святого совершались панихиды (о чём свидетельствуют чудеса 1717–1719 гг.), а затем была составлена служба Иосифу Заоникиевскому по образцу службы преподобному Галактиону Вологодскому. В ноябре 1717 г. из Заоникиевой пустыни в Кириллов Белозерский монастырь был послан эконом Сергий для сбора пожертвований на строительство каменного храма в пустыни. В Кирилловом монастыре Сергий обнаружил рукопись, содержащую «Сказание о явлении иконы Пресвятыя Владычицы нашея Богородицы и Приснодевы Марии». В монастырской больнице Сергий встретил иеросхимонаха Авраамия (в миру Афанасий Слеза), который рассказал, что 80 лет назад (т.е. в 1640 гг.) он служил пономарём в Заоникиевой пустыни. Схимник сообщил монаху Сергию некоторые подробности жизни Иосифа Заоникиевского. Наибольшее количество чудес, совершавшихся по молитвам к Иосифу Заоникиевскому, датировано 1717 г.